一、性质不同
1、跨性别指个体的性别认同不同于其出生时被指定的生理性别。跨性别是一个概括性术语，包括跨性别男性、跨性别女性和性别酷儿等性别认同。
2、“酷儿”是所有不符合主流性与性别规范的性少数群体所使用的身份、政治和学术用语。它既是身份标签（性别酷儿），也是一种政治策略（性别酷儿／酷儿身份），同时也是一种文化分析概念（酷儿理论）。
二、词语来与不同
1、跨性别：进入现代社会，随着社会对跨性别的认识逐渐加深，中文语境中对跨性别及跨性别者所使用的词汇也在不断变化。使用最为广泛的词汇之一是“变性”，这一词汇往往指代了身体上的变化，但跨性别作为一种性别认同，不能等同于跨性别者的身体特征。
“变性”及“变性人”带有歧视色彩，正逐渐被淘汰。另一个被广泛使用的词汇是“人妖”。“人妖”一词可能来源于泰国的变装表演，许多人用以称呼跨性别女性。这个词汇表明了对跨性别者的妖魔化和对跨性别者人格的贬低，具有强烈的歧视色彩，同样正被淘汰。
“跨性别”是根据英文单词“transgender”直译的词汇，表现出了包容和尊重，是目前社群内部和学术研究及报告最常使用的词汇，也正在为社会上的更多人所了解并使用。
2、酷儿：该词来源于英文的“Queer”，原意是“怪诞、奇怪、（性）变态的”，本为英语中用来攻击和羞辱性少数者的用语。20世纪90年代，在美国学术界的号召下，酷儿一词被赋予了新的政治意义，随即被性少数群体和学界用来表达对主流性别体制的抗拒和不满。
酷儿身份
作为性别身份认同，“酷儿”可以指代所有非异性恋顺性别的身份认同。该词原本诞生于美国20世纪80年代晚期的同性恋解放运动，是一个被同性恋者从主流异性恋者手中夺回使用权的词汇。这一反转使用具有很强的策略性，倾向于为反击美国异性恋主流社会的压迫而被创造的“政治身份”。
虽然“酷儿”身份的政治性在一定程度上证明这一身份所涵盖的身份和人群并没有本质上的联接，但是在美国80年代末期的艾滋危机下，非异性恋、不以生育为目的的性行为被认为是原罪，受到来自基督教保守派的强烈冲击。不同于同性恋，“酷儿”身份可以将所有非异性恋顺性别者团结起来，反抗保守政治力量。