市场监管局会垂直。首先，监管机构政策目标内生冲突。当前县区基层普遍建立了市场监管部门，但上级仍是
食药监管、工商、质监等部门。由于改革同时将
食品安全监管职能统一划转给食药监部门行使，上级工商、质监部门的理性选择是强调本部门剩余职能的重要性，并且以自身工作为出发点设置政策议程，政策目标缺乏一致性和互补性。上级的多头部署会议、报表、检查等事务，使基层疲于应对，导致机构政策目标内生冲突。
据统计，有的县级市场监管局一年中收到上级三个部门文件多达1784份，主要是布置开展各类专项监督检查，数量远超机构改革前三个局接收文量的总和。
以近期发生的天津独流镇“假冒调料”事件为例，其涉及市场秩序、食品安全、知识产权等诸多政策议题，本应该是综合执法的优势所在，但实际上市场监管局并未发挥协同作用。
其次，监管职权和监管资源结构性不匹配。在简政放权的背景下，市场监管部门职能不断减少。不论是“先照后证”“多证合一”，还是
企业年报制度，都强调许可权和监管权的精简下放，以减轻
市场主体负担。而食品药品安全则不能一味放权，甚至需要上收和集中一部分高风险监管事权，两者形成理念冲突。此外，市场监管部门习惯于传统行政
管理模式，与基于
风险分析的食品药品现代监管理念也不相符。
有研究统计了三个县级市场监管局2015年食品药品监管工作情况，其中65％的监督检查力量用于
行政许可和专项检查，最终仅发现15％的案件线索，投入与产出严重倒挂。