农村合作医疗的生效时间是从办理参保手续的第二年的1月1日起至该年度的12月31日止。随着试点数量的增加和政府补助水平的提高，各地要在分析、总结合作医疗制度和基金运行情况的基础上，认真测算，科学制定和调整农民医疗费用补偿方案。方案的制定和调整要掌握以下原则：
1. 是要在建立风险基金的基础上，坚持做到合作医疗基金收支平衡，略有结余。
2. 是新增中央和地方财政补助资金应主要用于大病统筹基金，也可适当用于小额医疗费用补助，提高合作医疗的补助水平。
3. 是补偿方案要统筹兼顾，邻县之间差别不宜过大。
4. 是补偿方案的调整应从新的年度实行，以保持政策的连续性和稳定性。
《社会保险基金会计制度》第十五条城乡居民基本养老保险基金收入包括个人缴费收入、集体补助收入、财政补贴收入、利息收入、委托投资收益、转移收入、上级补助收入、下级上解收入、其他收入。其中：个人缴费收入指参保城乡居民按照规定标准缴纳的城乡居民基本养老保险费收入，包括财政资金代参保对象缴纳的基本养老保险费收入，追回重复领取的城乡居民基本养老保险待遇并从企业职工基本养老保险待遇中抵扣的列其他收入。如果是在今年购买的农村合作医疗保险，在今年就可以正常使用的，但是不可以明年继续使用，除非明年继续交费。
农村合作医疗，是一种以大病统筹，兼顾小病理赔为主的农民医疗互助共济制度，主要是为了解决农民看病难看病贵等问题，避免农民因病致贫和因病返贫。目前，我国已基本实现新农合与城镇居民医保合并。是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。农村合作医疗是由我国农民自己创造的互助共济的医疗保障制度，在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了重要的作用。
拓展资料：农村合作医疗报销比例
一、 乡(镇)卫生院医疗费报销比例
1、300元以下的，报销30%;
2、300元(不含)以上2000元以下的，报销70%;
3、2000元(不含)以上的，报销50%。
二、 县级定点医疗机构医疗费报销比例
1、500元以下的，报销25%;
2、500元(不含)以上10000元以下的，报销65%;
3、10000元(不含)以上的，报销50%。
三、 二级医院医疗费报销比例
1、500元以下的，报销25%;
2、500元(不含)以上10000元以下的，报销55%;
3、10000元(不含)以上的，报销50%。
四、 三级医院医疗费报销比例
1、1000元以下的，报销20%;
2、1000元(不含)以上10000元以下的，报销45%;
3、10000元以上(不含)的，报销40%。
农村合作医疗报销时间 当年发生的医疗费原则上在次年的1月底前必须结清。
农村合作医疗报销标准 ：
一、 门诊报销标准
1、村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
2、镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
3、二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
4、三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
5、中药发票附上处方每贴限额1元。
6、镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
二、 住院报销标准：
1、药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费限额200元;手术费(参照国家标准，超过1000元的按1000元报销)。
2、60周岁以上老人在镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
三、 大病报销标准
1、镇风险基金补偿：凡参加农村合作医疗保险的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。
2、镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。
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