水是硒迁移和沉淀的主要介质。天然水体中的硒主要来源于对岩石硒的萃取、土壤的淋溶、大气降尘、生物体腐解和工业污水的排放，一部分硒进入河流后为沉积物所固定并随着沉积物退出循环。其余部分流入海洋，沉积于海底，形成沉积岩；也可以被海生动植物和微生物所利用。一般海水含硒量为4～6μg/kg，河水含硒量为0.5～10μg/kg；低硒地区河流中水的含硒量低于0.1μg/kg，高硒地区河流中水的含硒量可高达50μg/kg，通常饮用水中硒含量较低，在1μg/kg以下，对人体的总摄入量影响不大。其中饮用水标准的上限值中国和美国、原苏联、欧洲共同体规定的基本相同，w（Na2SeO3）为0.01mg/L，略大于日本标准（0.008mg.L）。美国EPA适用于淡水水生生物的标准为0.035mg/L（24h平均值；USEPA,1980）。渔业用水的上限为0.035mg/L（USEPA,1980）。
大气中硒的主要来源是火山爆发释放的挥发性硒，尘土、动植物、土壤及沉积物中的微生物代谢释放出的挥发性硒和由人类燃煤、燃油释放的硒。空气中的硒主要以气溶胶状态和气态存在。调查结果所显示的气态硒占空气总硒量的比例为32%～65%。燃煤过程所释放的硒主要以气溶胶形式存在，在气溶胶的不同粒径极分中，硒趋向于在较小粒径的极分中富集，大量实验结果表明（Chiou,1986）空气中气溶胶态的硒79%为小于2.0μm的细粒，0.01～1.1μm粒径极分上硒的浓度为所划分的五个极分中硒含量最高的极分。从中国不同硒含量地区收集的空气总悬浮固体样品分级测定结果中，发现95%的硒富集于小于10μm的粒径组分。燃烧过程同时向空气排放的粉煤灰中，硒以四价硒形式存在。在燃料排放量较少的地区，空气中硒含量较低，而气态硒的比例较高（段建涛，1992）。部分植物、真菌、细菌、动物和人均能利用无机硒合成挥发性硒化合物（Cox,1974;Lewis,1966;Obermeyer,1971;Glover,1976）。生物甲基化过程所排放的硒主要是气态硒。微生物的甲基化过程中，水合的硒酸或亚硒酸可以从周围介质中获取甲基团，再经过离子化和还原反应的交替进行，生成甲基化产物（Challenger,1951;Reamer,1980）。这一过程所依赖的生物反应体系因菌种不同而异，如有的球菌用分子氢将亚硒酸还原为硒化氢利用了铁氧化蛋白，酵母菌和粪链球菌将亚硒酸还原为元素硒利用了黄素脱氢酶。微生物甲基化的主要产物是二甲基硒（CH3—Se—CH3）或二甲基二硒（CH3Se—SeCH3），挥发产物的硒形态与剂量或微生物种类有关。空气中存在有极低量的元素硒（Germani,1988），是排放进入空气的挥发性硒化氢在空气中的氧化产物，它易形成颗粒物（Atkinson,1990）。空气中的气态硒中也存在有二氧化硒（SeO2），在与硒有关的工业及燃煤地区附近空气中甚至可以是优势形态。它是有氧参与下的高温燃烧过程产物。硒在大气中的浓度一般较低，通常每立方米大气中仅几个毫微克，不构成危害。但局部地区大气中的硒污染可能会对人体健康产生影响。职业环境空气中允许接触的限值在美国为0.2mg/m3，高于前联邦德国和日本（0.1mg/m3），但远低于原苏联规定的上限（2.0mg/m3）。中国目前对此尚无明确的规定，但在中国恩施硒中毒地区居室中因燃烧石煤空气硒浓度达到0.6mg/m3，有时高达1.2mg/m3（苏宏灿、毛大均等，1993）。