法律分析：1、不在一个户口本上，要证明父子关系，可以开出证实父子关系的证明，按照公安户籍管理规定，去村或者居委开出证实父子关系证明，凭证明带上户口本到户口所在地派出所出意见，加盖派出所公章就可以了，完全没问题。2、居民户口簿是我国公民的重要证件，在上学、结婚、领取护照、以及办理很多重要事情时均需使用。3、居民户口簿具有证明公民身份状况以及家庭成员间相互关系的法律效力，是户口登记机关进行户籍调查、核对的主要依据。户口登记机关工作人员进行户籍调查、核对时，户主或本户成员应主动交验居民户口簿。
法律依据：《中华人民共和国户口登记条例》第五条 户口登记以户为单位。同主管人共同居住一处的立为一户，以主管人为户主。单身居住的自立一户，以本人为户主。居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口共立一户或者分别立户。户主负责按照本条例的规定申报户口登记。第六条 公民应当在经常居住的地方登记为常住人口，一个公民只能在一个地方登记为常住人口。