公司注销清算时增值税进项税没抵扣完，对纳税人期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及征税后出现的进项税额大于销项税额后不足抵扣部分，税务机关不再退税。
根据《关于增值税若干政策的通知》第六条 一般纳税人注销时存货及留抵税额处理问题。一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
扩展资料：
《中华人民共和国增值税暂行条例》第四条 除本条例第十一条规定外，纳税人销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产（以下统称应税销售行为），应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。应纳税额计算公式：应纳税额=当期销项税额－当期进项税额。当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。
第五条 纳税人发生应税销售行为，按照销售额和本条例第二条规定的税率计算收取的增值税额，为销项税额。销项税额计算公式：销项税额=销售额×税率。
参考资料来源：国家税务总局——关于增值税若干政策的通知
国家税务总局《关于印发〈增值税问题解答〉的通知》规定，对纳税人倒闭、破产、解散、停业后销售的货物，应按现行税法的规定征税。对纳税人期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及征税后出现的进项税额大于销项税额后不足抵扣部分，税务机关不再退税。
根据《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）第六条规定，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。因此，贵公司注销时留抵的增值税进项税额不予以退税。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第八条和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十一条的规定，企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加，准予在计算应纳税所得额时扣除。
虽然一般纳税人注销时留抵的增值税进项税额不予以退税，但在计算应纳税所得额时是准予扣除的。
扩展资料：
应纳税所得额的确认：
企业所得税的计税依据是企业的应纳税所得额，是指纳税人每一纳税年度的收入总额减去准予扣除项目金额后的余额。
纳税人应纳税所得额的计算以权责发生制为原则，应纳税所得额的正确计算，同成本、费用核算关系密切，直接影响到国家财政收入和企业的税收负担。纳税人在计算应纳税所得额时，按照税法规定计算出的应纳税所得额与企业依据财务会计制度计算的会计所得额(会计利润)往往不一致。
当企业财务、会计处理办法与有关税收法规不一致时，应当依照国家税收法规的规定计算缴纳所得税 。
收入总额的确定
纳税人的收入总额包括生产经营收入、财产转让收入、利息收入、租赁收入、特许权使用费收入、股息收入和其他收入。
(一)生产经营收入：是指纳税人从事主营业务活动所取得的收入。包括商品(产品)销售收入、劳务服务收入、营运收入、工程价款结算收入、工业性作业收入以及其他业务收入。
(二)财产转让收入：是指纳税人有偿转让各类财产取得的收入，包括转让固定资产、有价证券、股权以及其他财产而取得的收入。
(三)利息收入：是指纳税人购买各种债券等有价证券的利息、外单位欠款付给的利息以及其他利息收入。
(四)租赁收入：是指纳税人出租固定资产、包装物以及其他财产而取得的租金收入。
(五)特许权使用费收入：是指纳税人提供或者转让专利权、非专利技术、商标权、著作权以及其他特许权的使用权而取得的收入。
(六)股息收入：是指纳税人对外投资入股分得的股利、红利收入。
(七)其他收入：是指上述各项收入之外的一切收入，包括固定资产盘盈收入、罚款收入、因债权人缘故确实无法支付的应付款项、物资及现金的溢余收入、教育费附加返还款、包装物押金收入以及其他收入。
参考资料来源：百度百科-应纳税所得额
本回答被网友采纳根据《财政部国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）第六条规定，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。因此，贵公司注销时留抵的增值税进项税额不予以退税。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第八条和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十一条的规定，企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加，准予在计算应纳税所得额时扣除。虽然一般纳税人注销时留抵的增值税进项税额不予以退税，但在计算应纳税所得额时是准予扣除的。