滁州市域跨长江、淮河两大流域，主体为长江下游平原区及江淮丘陵地区。滁州市区与来安、全椒县以及天长部分地区属于长江流域，明光市、定远等县属于淮河流域。
全市地貌大致可分为丘陵区、岗地区和平原区三大类型，地势西高东低，全市最高峰为南谯区境内的北将军岭，海拔399.2米，围绕丘陵分布的平台和波状起伏地带，构成岗地区，滁河、淮河沿岸和女山湖、高邮湖的滨湖地带是主要的平原区和圩区。 连接秦岭—大别山脉的皖山山脉绵延向东北，经合肥市东北部延伸于市境五尖山、皇甫山、磨盘山、张八岭、老嘉山、长山、芝麻岭，形成江淮分水岭。位于定远、肥东、南谯、全椒等四县（区）交界处的五尖山脉除自西向东延伸的主脉外，分别向东北和西南方向伸出两支余脉，其中东北余脉蜿蜒进入凤阳县境，西南余脉逶迤进入全椒县境。市境地貌分丘陵、岗地、平原三大类型，平原较少主要分布在沿河、湖的狭窄地带，其余均为丘陵与岗地。
市境地跨长江、淮河两大流域，境内河流分属三大水系，即淮河干流水系、滁河水系和高邮湖水系。市境淮河干流水系主要支流有窑河、天河、濠河、板桥河、小溪河和池河。
长江以北有一条自西向东流淌的河流，发源于安徽肥东，蜿蜒270公里，汇集了江淮分水岭以南诸水，浩浩荡荡，从南京六合汇入长江，这就是长江下游最大的一条支流，滁州的母亲河—滁河。
滁河水系主要支流有小马厂河、管坝河、大马厂河、襄河、土桥河、清流河、来安河、沛河、皂河等。高邮湖水系主要支流有白塔河、铜龙河、杨村河、王桥河、秦栏河以及白塔河的主要支流川桥河等。市境湖泊不多，主要有花园湖、女山湖、七里湖以及与周边市县的界湖高邮湖、高塘湖等。水利工程众多，有大型水库2座（沙河集、黄栗树）中型水库45座，小型水库955座，成为星罗棋布的人工湖泊，点缀在绵延起伏的皖东丘陵上。发挥着灌溉、防洪、生产生活用水和游览观光休闲的多种功能。 滁州是国家重要商品粮基地，盛产水稻、小麦、鱼虾、油菜等农产品。
著名土特产有滁菊（中华四大贡菊之首）、来安花红、南谯贡茶（西涧春雪）、明光绿豆、凤阳花生等。
特种水产有女山湖大闸蟹、花园湖大闸蟹、高邮湖大闸蟹、银鱼、梅市梅鱼、雷官板鸭、天长芡实等，传统特色食品有琅琊酥糖、马厂酥笏牌、天长甘露饼、炉桥桥尾、恒裕酱品等。
动物资源、次生林木、竹、中药材资源丰富。非金属矿是滁州市的优势矿产。石英、岩盐、芒硝、石膏、玄武岩、石油储量居华东之冠；而岩盐矿、石膏矿是安徽省唯一的大型岩盐、石膏矿床；膨润土、花岗岩、大理石、绢云母、钾长石等具有较高的开发价值，在全省乃至全国占有重要地位。
全市非金属矿产资源丰富，种类多，矿种储量大，其中硅石、凹凸棒石、铸石玄武岩、岩盐、芒硝、石膏、石油等，占据安徽省全部或大部分储量，部分矿产在华东，甚至全国占有重要位置。石英岩储量居华东之冠，储量保守估计约100亿吨。其他特色非金属矿有绢云母、凹凸棒石粘土等，开发前景十分广阔。
