临床医学系成立于1991年，原名医疗系，梁荣生 ( 兼 ) 任医疗系党支部书记，郝春玲任医疗系主任。1993年，郝春玲任医疗系党支部书记，李兰锁任医疗系主任，辛爱青任医疗系副主任兼医疗系团总支书记。1995年，宋秉功任医疗系党支部书记，郝春玲任调研员，李兰锁任医疗系主任，宋秉功、辛爱青任医疗系副主任。1998年，宋秉功任医疗系党支部书记，李兰锁 ( 兼 )任医疗系主任，宋秉功、辛爱青任医疗系副主任。1999年，辛爱青任临床医学系党总支部书记兼临床医学系常务副主任，王平任临床医学系副主任。2000年建全了党组织机构，辛爱青临床医学系党总支部书记，弓鸿飞任组织委员兼统战委员，张素英任宣传委员兼纪检委员，同时任命姚万军为临床医学系党务秘书兼教学秘书( 副主任科员 )。2002年，温继军任临床医学系团委书记。2004年张国贞任临床医学系党总支部副书记( 主持工作 )，辛爱青任临床医学系党总支正处级调研员，王平任临床医学系副主任( 主持工作 )，杨兴益任临床医学系副主任，张霍君任临床医学系分团委书记。2005年，王平任临床医学系主任 : 张霍君任临床医学系党务秘书( 副主任科员 )，王健任临床医学系教学秘书( 副主任科员 )。2007年，郭任维任山西医科大学汾阳学院院长助理兼管临床系，李志平任临床医学系副主任。2008年，梁晓东任临床医学系分团委书记 (主任科员 )，王健任临床医学系综合办公室主任(主任科员 )。2010年，温继军任临床医学系党总支部副书记( 主持工作 )，杨兴益任临床医学系常务副主任。
临床医学系1992年设立内科学、外科学、妇产科学、儿科学、五官科学、中医学六个个教研室和一个临床综合实验室，2000年增设医学影像与核医学教研室。2007年7月，临床医学系与与山西医科大学附属汾阳医院进行合作办学，大大增强了办学实力，设立内科学、外科学、妇产科学、儿科学、诊断学、眼科学、耳鼻喉科学、口腔医学、医学影像与核医学、全科医学、急救医学、中医学12个教研室，一个临床综合实验室，内含3个外总实验室、3个眼视光实验室、3个口腔实验室和3个影像实验室。
临床医学系历来重视教育研究与教学改革，不断调整专业课程体系与教学内容，改革教学方法，保证教学质量。建系以来，先后有30余人在学院举办的教学观摩比赛中获奖， 1人获山西省青年教师基本功讲课比赛一等奖，2人在全国多媒体教学课件比赛中获奖，其中外科教研室荣获2006年度“山西省五一劳动奖章”，并集体荣记一等功。
1991年以来，临床医学系教师在省级以上刊物上共发表论文160余篇，其中核心期刊68篇，教学论文45篇，主编教材3部，参编教材58部，其中十一五、十二五规划教材16部。
临床医学系现有全兼职教职工157人，其中学院编制教师38人，实验技术人员4人，聘任汾阳医院教师115人，其中硕士生导师9人，教授47人，副教授48人，讲师42人，助教16人，硕士以上学历教师58人。
临床医学系目前设置临床医学和医学影像学两个本科专业，临床医学、口腔医学、眼视光技术、影像技术四个专科专业和妇幼、全科医学、急救医学三个分流方向。1992年省教委批复设立医学影像学专科专业，学制三年，并于1992年9月正式招生，1994年省教委批复增设临床医学专科专业，学制三年，并于1994年9月正式招生,1999年，增设临床医学本科专业，学制五年，增设临床医学专科（眼视光分流方向）并于1999年9月正式招生，2004年眼视光技术专业申报成功，学制三年，并于2004年9月正式招生，2006年口腔专业申报成功，学制三年，并于2006年9月正式招生。2006年，临床医学专科（妇幼保健、全科医学、急救医学）三个分流方向申报成功，并于2006年9月正式招生。
临床医学系在实习基地建设方面，选择了重视学生管理、实习条件好、技术水平高的22所三级医院作为实习基地。其中省外4所，包括北京航空航天总院、北京武警二院、京煤集团总医院、北京999急救中心医院；省内18所，包括山西医科大学第一医院、山西医科大学第二医院、山西省人民医院、解放军264医院、太原市中心医院、山西省眼科医院、阳泉一院、阳泉三院、阳煤集团总医院、临汾市人民医院、山西省汾阳医院、吕梁市人民医院、运城市中心医院、长治市人民院、长治市和平医院、解放军541医院、晋城矿务局总医院、忻州市人民医院等，能够保证临床实践教学的需要。
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