一、制度不一样
1、低保是指在城镇居民户中，对收入低于当地最低工资水平的家庭或个人实行差额救助的制度。低保户是指享受低保的家庭。
2、五保户是指《农村五保供养工作条例》中的五保供养对象，主要包括村民中符合下列条件的老年人、残疾人和未成年人：
1）无法定扶养义务人，或者虽有法定扶养义务人，但是扶养义务人无扶养能力的；
2）无劳动能力的；
3)无生活来源的。法定扶养义务人，是指依照婚姻法规定负有扶养、抚养和赡养义务的人。
国家对五保户在吃、穿、住、医、葬方面给予的生活照顾和物质帮助。
3、困难户是指人均年收入处于特困线以下的家庭。贫困是物质生活困难和生产手段匮乏的整体性状况，一般由生活水平来衡量。当某个人、家庭乃至群体的生活水平比所在地区的平均生活水平低时，即为处于贫困状态。
二、申请方向不一样
1、低保需向所在地民政部门提出申请，并经审核方可享受。
2、五保户向所在集体申请，再由集体向民政部门请示。
3、困难户一般由户主本人向户籍所在地的乡（镇）人民政府提出申请；村民委员会受乡（镇）人民政府委托，也可受理申请。
参考资料：