（一）和田河
和田河是昆仑山北坡最大的河流，也是目前能纵穿塔克拉玛干沙漠的唯一河流。其上游由玉龙喀什河和喀拉喀什河组成，在距和田大桥北130km处汇合后称和田河。在麻扎塔格山以南广大范围内，和田河上游的两大支流在地质历史时期从山区携带大量物质堆积下来，形成南部地区最大的冲洪积扇，以后在冲洪积扇上形成了盘根错节和上下叠置的古河道。
在喀拉喀什河以西，麻扎塔格山以南可以解译出5条平行喀拉喀什河的古河道，玉龙喀什河的东边也有2条呈北东走向的古河道。基本规律是愈靠近现代河流的古河道迹象愈清楚，最老的古河道由于风沙和植被覆盖，很难分清边界，只能较宏观地把握分布规律。如喀拉喀什河最西边的古河道，从延伸趋势看可从麻扎塔格山西端古董山豁口处穿过。据前人调查古河道附近有大片胡杨疏林分布，最大的树干直径近2m（山北边的胡杨是枯死的），沿这条古河道，地下水水质较好，优于附近其它地区。
（二）克里雅河
该河是研究区内第二大河流，也是目前除和田河之外深入沙漠腹地最远的河流。在于田县以北100km处河流的西边可以明显的看到一条古河道，该古河道向北25km后，又分出一支，两支平行向北延伸直到图外。主流延伸170km后消失在沙漠中，变为4条古河道向北延伸至图外。图上可见克里亚河古河道的分布范围较广，东西向约50km。
历史记载，该河曾经注入塔里木河的“南河”，而且还曾经有与和田河相汇合的历史，以后该河自西向东摆动，尾端逐渐南缩。克里雅河向东偏移较为缓慢，当主流偏东时，原来的老河道水流还要持续很长时间，或者断流多年后，还能在遇特大洪水时重新有水流通过，河水在100多年前彻底断流。
尼雅河与且末河之间的区域是本次研究的重点地区，区内有尼雅河、牙通古孜河、安迪尔河和喀拉米兰河。尽管这几条河流常年有水，但在规模上均小于和田河和克里雅河，因此，相应的古河道也较小。
（三）尼雅河
该河是研究区内第三条大河，卫片上可以明显看到向北延伸的废弃支河道，且规模较大。
该河道较其他几条河流量大，流出山口后在倾斜平原上延伸较远。在民丰县以南40km处，全部渗到倾斜平原之中（其中部分水通过人工引达民丰）补给地下水。在民丰县北，地下水溢出地表形成尼雅河，同时也形成了大片盐碱地。尼雅河向北延伸70km后在大麻扎处完全消失，该处也是民丰北凸起的东端。再往北即为尼雅古河道，在卫片上有明显的迹象。该古河道可分为3条，其中西边的一条最为发育，规模最大，长约65km，地形上深颜色的谷地向西北方向延伸，估计与克里雅河古河道相连；而东边的2条则发育较小，延伸不远。
（四）牙通古孜河
该河流出山口后延伸约80km，由于人工引水和入渗地下而消失，但地表仍遗留有洪水期时水流过的河道。该河流向北流动约60km后分成3个支流后在沙漠中消失。其中中间支流遗留下较长的古河道，延伸较远，达到北纬38°20＇。
（五）安迪尔河
该河出山口后延伸约20km就全部入渗入地下补给地下水，地表留下约60km的干河床，而后，地下水溢出地表形成河流。该河在流程约60km处消失于沙漠中。在安迪尔桥向北10km处，从河身生出两条古河道。左岸一条向西北方向延伸，约50km长，是安迪尔河的废弃河道。右岸一条可分为2条古河道，长度不大，约12km，是牛轭湖的遗迹。该河尾端的古河道可达北纬38°左右的地方，但迹象不太清楚。
（六）喀拉米兰河
该河沿途不断入渗补给地下水或蒸发，且在出山口后延伸至约35km处消失，在倾斜平原上留下约50km长的干枯河道。在沙漠平原上，形成了5条古河道，其中主河道干枯后留下约25km长的古河道，其它古河道均较短，未出盐碱地。与前几条河流最大的不同是在溢出带地下水并未重新形成泉集河。
（七）车尔臣河
该河流为塔克拉玛干沙漠东南部地区最大的一条河流，出山口后一直延伸到且末县城，而后向东急转流向罗布泊，在河流拐弯处的西边和北边留下大量干枯牛轭湖及一条较大的古河道。古河道向北东方向延伸，而后又向南拐回到原河流，全长约60km。