内设机构
根据上述职责，市环境保护局设10个内设机构：
（一）办公室
承担局机关文电、会务、接待、机要、档案等日常工作；承担局机关信息、安全、保密、信访、督查、建议提案办理、政务公开、后勤服务等工作；承担重大环境污染事故纠纷情况通报和联络工作；承担县市区环保目标管理检查和考核工作。
（二）人事教育科
承担局机关及直属单位机构编制、干部人事、教育培训、考核奖惩、劳动工资、保险福利等工作；承担归口管理直属单位专业技术职务评审、工人技术等级评定的有关工作；承担局机关离退休人员的管理、服务工作；承担协助局党组指导全市环境保护系统精神文明建设工作。
（三）计划财务科
承担组织编制环境功能区划、环境保护规划工作；承担环境保护专项规划审核工作；承担归口管理环境保护补助资金、科技设备资金、污染治理资金的工作；参与拟订经济规划和业务计划；承担考核分析预算、财务计划执行情况工作；承担对直属单位和县（市）环境保护专项资金的内部审计有关工作；承担局机关财务和国有资产管理工作；承担局系统财务监督管理工作。
（四）政策法规科
组织拟订全市环境保护规范性文件；承担环境保护行政处罚、行政复议和行政应诉工作；承担组织开展对县市区环保部门贯彻执行环境保护法律法规的执法检查工作；承担局机关政策法规业务学习工作。
（五）宣传科
拟订并组织实施全市环境宣传教育工作规划和计划；监督、检查、指导县市区开展环境宣传教育工作；承担向新闻媒体联络、宣传报道全市环境保护工作；承担“绿色行动”的日常指导、协调、督查、评比工作。
（六）污染防治科
拟订重点污染源治理计划和污染源治理基金使用计划；承担污染源限期治理和达标排放等工作；承担审查环境治理工程方案和组织竣工验收工作；承担城市环境综合整治定量考核和“爱卫”检查中的环保考核工作；承担企业上市和融资的环保核查工作；承担防治污染设施的拆除或闲置审批工作。
（七）环境影响评价科
（加挂行政审批科牌子）
拟订并组织实施开发建设活动环境影响评价、建设项目“三同时”﹙同时设计、同时施工、同时投产使用﹚环境管理制度；承担园区建设的环境监督管理工作；承担协调局机关行政许可的有关工作。
（八）污染物排放总量控制科
﹙加挂环境监测科牌子﹚
拟订主要污染物排放总量控制规划和排污许可证制度；拟订并组织实施总量控制计划，承担污染物排放总量减排考核工作；承担环境统计和污染源普查工作；承担环境监测管理、环境信息发布和组织环境突发事件的应急监测工作；承担调查和评估全市环境质量状况并进行预测预警工作；承担全市环境监测网建设和管理的有关工作；组织编制全市环境质量报告书、重点污染源监测报告和环境状况公报；拟订全市突发环境事件和生态破坏事件的应急监测预案；承担全市重特大突发环境事件的应急、预警、监测和组织工作。
（九）生态保护与科技科
组织编制生态保护区划与规划；承担归口监督管理自然保护区、风景名胜区、森林公园范围内的有关环境保护工作；承担参与资源开发项目环境保护论证工作；承担管理生物技术环境保护安全工作；承担监督管理农村生态环境保护和生态农业建设工作；承担小城镇建设环境管理工作；承担环境保护科技工作；参与指导循环经济与环保产业发展工作；承担全市环保系统环境科研项目立项、科技设备资金的使用和对外经济合作工作；承担环境科技成果引进与实用技术推广工作；承担归口管理环保产业有关工作。
（十）辐射环境与固体废物管理科
承担全市辐射环境安全和固体废物的监督管理工作；承担监督管理放射源、电磁辐射和伴有放射性矿产资源开发利用中的辐射污染防治、防护和安全工作；承担辐射防护工作；承担监督管理放射性废物处理、处置辐射环境保护工作；承担放射性同位素、射线装置的生产、销售和使用审批工作；承担输变电设施及线路、信号台站等电磁辐射装置和电磁辐射环境的监督管理工作；承担核与辐射应急响应和调查处理工作；承担指导全市辐射环境监测工作；承担管辖范围内固体废物、危险废物产生、收集、储存、运输、利用、处置过程的污染控制管理和危险废物转移的审批工作；承担对固体废物和危险废物污染事故进行调查处理工作；配合有关部门参与对突发性危险废物和危险化学品污染事故处理工作。
纪检（监察）机构和党群组织按有关规定和章程设置。
直属机构
株洲市环境监察支队
株洲市环境监测中心站
株洲市环境保护研究院
株洲市环保局石峰分局
株洲市环保局天元分局
株洲市环保局荷塘分局
株洲市环保局芦淞分局
辐射站
固废站
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