（一）思想认识不到位。一是基层重视程度不够。部分基层干部对土地流转的政策法规、方式方法、矛盾问题等研究不深、宣传不够、引导不力，认为土地流转与乡镇村社关系不大，造成土地流转无人监管。二是小农经济思想严重。部分农民恋土观念强，认为务工经商虽然收入高但有风险，宁可粗放经营，甚至不惜撂荒弃耕，即使外出务工也不愿转出土地，担心失业没地而生活养老没保障；农业税全面取消，优惠政策不断出台，土地收益逐年上升，按承包面积给予的粮补促使部分农民不愿转出土地；城镇扩建或国家重点工程实施，导致部分农民等待承包地被征用而得到补偿费。三是对流转政策心存误解。部分农民担心政策不稳，政府收回土地承包权，没有安全感。
（二）流转行为不规范。在土地流转过程中，双方很少签订书面合同，大多实行口头协议，未经发包方同意及管理部门备案公证，即使签订书面合同，其内容不完整、不规范，双方没有明确责权利关系，没有专人负责合同管理工作。部分业主借合同不规范，经营不善违约逃债，或未经有关部门审批同意，擅自改变土地农用性质。国家各项惠农政策落实后，土地不断增值，部分农民借合同不规范索回土地经营权。
（三） 规模流转难度大。农村中有一定文化技能的劳动力纷纷外出务工经商，其他劳动力大多仍从事农业生产，依靠承包地收入维持基本生活。许多业主租赁土地都希望集中连片，但不同农民利益目标不一致，往往导致大规模土地流转难以成功，影响农业项目实施。绝大部分土地没有进行农业综合开发，地块小且不平整，水、电、路建设滞后，不适于连片种植和机械耕作，无法实现旱涝保收；农田水利基础设施较差，规模经营成本增加，向金融机构申请贷款数额增加，导致规模流转难度加大。
（四）保障机制不完善。社会保障体系不健全，未能覆盖所有农村地区，无法为转出土地的农民提供充分的社会保障。农民对土地流转态度更加慎重，出于对土地普遍有预期增值和稳定的经济收益保障心理，不愿放弃土地承包经营权。其次，农民利益不能完全得到保障。少数地方将土地流转作为增加乡村集体收入、干部福利的手段，用行政手段干预农民土地流转，承租大量土地进行规模开发，常压低流转价格，使农民获得补偿往往最低；业主因投资失败和市场变化等原因，不能及时兑现农民租金，农民流转收益存在风险。再次，流转收益缺乏增长机制。在流转合同约定上，农民土地流转收益一般固定，流转期间不再调整租金，流转收益没有随经济发展得到相应增长。
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