战略核潜艇如果不执行命令怎么办？那就等着归港后接受军事法庭的审判吧，军人以服从命令为天职，何况是在战略核潜艇这种国之重器上任职？目前解放军执行的是艇长和政委双主官制度，除非两位都不执行命令才可能发生以上情况，而这种情况在现实中很难出现，因为能够上核潜艇的士兵和军官都是经过了严格政治审查和思想觉悟非常过硬的万里挑一的人选。
但凡事都有可能发生意外，如果核潜艇就是不听指挥呢？那无非就是想叛逃了，像战斗机叛逃的事件在冷战时期也屡见不鲜，一般采取的都是无线电静默和全程超低空高速叛逃，而这些能够通过雷达发现并且需要实时传输位置坐标还安装了防叛逃装置的装备叛逃成功率几乎都达到了百分之百，何况是核潜艇这种水下幽灵呢？
核潜艇在水下只能依靠超长波电台断断续续的接受来自地面指挥中心的信息，要回信息还必须浮出水面发报，也就是说本身地面基地与核潜艇的联络就已经非常困难，如果核潜艇要叛逃，直接不给你回消息，你压根就不知道它到底是故意不给你回还是因为其他原因无法回复，这样你就很难判断核潜艇到底是什么情况。
而即使确定了核潜艇即将要叛逃，想要进行拦截也几乎不可能，首先核潜艇都在水下几百米的海底，即使给你指出一片区域，如果它直接沉底关闭发动机，直接淹没在海洋背景声之中，你就是反潜军舰、反潜飞机都出动也不一定能找到。而且核潜艇这玩意儿动力几乎无限，不需要上浮，像什么红外探测、磁探测、尾流探测几乎用不上，这就更加大了搜索的难度，用海底捞针来形容绝不为过。等他们慢慢悠悠的去敌国接受记者采访了，你估计都还在傻乎乎的甄别声呐信号。
1990年上映的美国电影《猎杀红色十月号》讲述的就是一艘苏联台风级战略核潜艇叛逃美国的事情，当时苏联人一脸懵逼，压根不知道核潜艇准备叛逃，后来还是通过舰长雷米斯写给朋友的一封信中才得知了这件事，苏联人采取的手段就是出动大批军舰封锁所有进出美国港口的航线，然后利用军舰和潜艇进行拉网式排查，最后才千辛万苦找到这艘核潜艇，但是仍旧没有成功阻止其叛逃。而现实中核潜艇的叛逃有几个人会傻到事先写信告诉别人？那么国家永远无法得知潜艇的叛逃国，也就无法进行特定区域的拦截，就算知道了，现在有哪个国家有能力、有胆量对美国进行封锁？
所以最后的结论就是：核潜艇出现不听指挥的概率非常小，一旦出现那肯定是叛逃，而且叛逃的成功率非常高！
战略导弹核潜艇不遵守命令？这是一个大国最高统帅部最害怕的事情，也是最不敢想象的事情，所以他们总是采取一切手段避免这样的事情发生。毕竟，战略导弹核潜艇是人类历史上破坏力最大的武器。这不是开玩笑，以美国“俄亥俄”级战略导弹核潜艇为例，他一般携带有22枚战略核导弹（有2个导弹发射井不装填导弹），型号为“三叉戟D5”，每一枚携带6-8枚核弹头，最多可以携带176枚核弹头，打完全艇导弹，估计一个中等国家就不存在了。
因此，战略导弹核潜艇的指挥官在执行发射命名或者其他作战命令的时候，心理承受的压力是很大的，为了确保这些核潜艇完全遵守最高统帅部的指示，在潜艇上有一整套流程去确保上级命令得到执行。比如，从一开始的程序上，一般战略导弹核潜艇的指挥官和副手在出海时会分别从国防部得到一组字母、数字混合的特殊密钥，两人都只知道自己的密钥，不会告诉另外一个人。
核潜艇出海后，一旦需要发射导弹，国防部会直接从最高军事统帅那里得到指令，会通过长波通讯基站将发射命令和密钥发送到核潜艇上，核潜艇的通讯兵一般由多人组成，他们互相是一个监督，也是一个补充，确保不会漏掉指令信息，接收到发射命令和密钥后，他们会把密钥打印出来，然后由两名士兵一起到打印机处取出密钥指令，两人各自用手执密钥纸张的一个角，谁也不放手，这是一种互相监督，以确保半途不会有哪个人更换密钥信息，两个人全程用手捏住密钥信息，直接送到发射员和潜艇指挥官手里。
潜艇指挥官和发射员（一般是副指挥官）各自确认是否和自己出海之前得到的密钥信息一致，确认核实后，两人会来到核潜艇上各自的发射台，每人有1把钥匙，需要把钥匙插入发射台钥匙孔中，拧动钥匙的同时，用另外一只手去按下发射按钮。指挥官和发射员各一个控制台，发射员那边也是一样的布置，都需要把一把钥匙插入，然后用另外一只手按下发射按钮。关键在于，这两个发射台的距离超过了一个人的手臂伸展长度，同时以拧钥匙和按按钮的方式击发，以确保不会有随便哪一个人就能单独完成发射程序，最少需要2人协同。
其实，这样就确保避免随便哪个人立场不够坚定，心理不够过硬，造成发射无法进行。而最为严格的是，在导弹核潜艇上会随艇驻扎不是海军的步兵部队，整个发射程序会在这些外派部队的眼皮子底下公开、透明的进行，一旦有哪个环节出现问题，比如送情报的士兵把捏着指令纸条的手松开、指挥官拒绝把钥匙插入发射孔、信息核实速度慢或者不准确等问题，他们都会第一时间选择按照规定强制要求潜艇官兵执行命令，甚至可能开枪。
一般而言，随艇驻扎的海军陆战队或者陆军特种部队人员为一个班组，10多个人，但是这10多个人武装到牙齿，轻武器装备精良，他们一方面监督潜艇内部执行命令，一方面还要保护核潜艇，防止核潜艇被敌人占领或者内部出现什么问题，他们是确保核潜艇控制权的关键所在。同时，从行政层级来说，出航的导弹核潜艇的全权指挥权限并不在核潜艇指挥官手中，而在随艇的海军一级将领手中。
所以，战略导弹核潜艇不执行命令的情况基本不会发生，不论是理论上、程序上还是技术上，都没有这种可能性，就算出现某些不执行的个人，他们也会在轻武器的直接瞄准下强制执行命令。