一、事业单位和行政单位会计主体和对象不同。事业单位会计是以事业单位实际发生的各项经济业务为对象，记录、反映和监督事业单位预算(年度财务收支计划)执行过程及其结果的专业会计，是预算会计的一个组成部分。行政单位会计是指中华人民共和国各级行政机关和实行行政财务管理的其他机关、政党组织等行政单位核算、反映、监督本单位预算执行情况及其结果的专业会计。
二、适用准则不同。事业单位会计，要贯彻事业单位会计准则，而行政单位会计执行的是行政单位财务规则。
三、会计制度不同。行政单位和事业单位各有各的会计制度，二者核算科目和核算内容有很大差异。