申请运输资格证的流程如下：
1、申请。根据相关规定，申请人要向辖区运政管理机关提出申请，并填写从业资格证申请登记表一式三份；携身份证、驾驶证、结业证及《从业资格证》（限增驾）原件及复印件二份，同版1寸彩色照片5张；
2、职业培训；
3、从业资格考试。
运输资格证过期的处理如下：
1、如果超过了证件有效期，但未超过有效期180天的，可以直接到发证机关正常申请换证；
2、如果超过了证件有效期180天，但未超过有效期两年的，可以到发证机关申请参加理论考试，考试合格后办理换证手续；
3、如果超过了证件有效期两年以上的，证件作废，不能换证，需重新办理。
综上所述，道路运输从业人员从业资格档案应当由原发证机关在变更手续办结后30日内，移交户籍迁入地、现居住地的交通运输主管部门或者道路运输管理机构。
【法律依据】：
《道路运输从业人员管理规定》第十条
经营性道路货物运输驾驶员应当符合下列条件：
（一）取得相应的机动车驾驶证；
（二）年龄不超过60周岁；
（三）掌握相关道路货物运输法规、机动车维修和货物装载保管基本知识；
（四）经考试合格，取得相应的从业资格证件。
第十一条
道路危险货物运输驾驶员应当符合下列条件：
（一）取得相应的机动车驾驶证；
（二）年龄不超过60周岁；
（三）3年内无重大以上交通责任事故；
（四）取得经营性道路旅客运输或者货物运输驾驶员从业资格2年以上或者接受全日制驾驶职业教育的；
（五）接受相关法规、安全知识、专业技术、职业卫生防护和应急救援知识的培训，了解危险货物性质、危害特征、包装容器的使用特性和发生意外时的应急措施；
（六）经考试合格，取得相应的从业资格证件。
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