如果在上海上班但公司交的是深圳的社保，你可以按照以下步骤处理：
1、准备相关材料：
社保卡（如果还没有，先补办），并确保有余额。
离职证明，并确保公司已经把你的社保处于“停用”状态。
个人身份证。
2、到社保服务中心办理社保转出业务：
进入社保局后，不需要拿号排队，可直接在社保自助终端机上根据提示办理。
在自助终端机上打印“基本养老保险参保缴费凭证”和“基本医疗保险参保缴费凭证”。这两个凭证在一张纸上，并且已经盖好社会保险关系转移接续专用章。
个人建议将社会保险参保证明一并打印，很多地方都会用到这个证明，以备不时之需。
问工作人员，填一份《社会保险关系转移、结算申请表》。
3、持盖了社会保险关系转移接续专用章的缴费凭证至转入地社保经办机构办理社保转移手续。
要将深圳的社保转移到上海，可以按照以下步骤操作：
1、获取接收函。在现工作单位所属的社保中心获取一张同意接受的函件，如果是外省转移，可能需要原单位所属社保机构出具同意调出函件，并到现单位所属社保中心盖章。
2、办理转出。持接收函到原单位社保所属机构办理转移，原单位社保机构同意转出后，会出具“转移人员清单”和“个人缴费记录单”。
3、提交材料到新参保地。持单据到现单位所属社保中心办理转入。
4、审核和资金转移。新参保地审核转移接续申请并向原参保地发出同意接受函，原参保地办理转移手续，新参保地接受转移手续和资金。
综上所述：如果你是上海户口，之前还有上海的社保，不建议将来的社保在深圳缴纳。因为你在上海地区享受到的社保待遇是很少的，而在深圳交社保，将来也是要转回上海的，只能转移医疗和养老两个险种，其他的转不了。会影响你的退休养老金待遇，因为你转移过来的只是养老个人账户金额，单位部分和你没关系。如果怕社保断掉，可以选择自费在当地社保代理机构缴纳社保，或者找社保代理机构缴纳社保，公司帮你报销单位缴纳部分。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》
第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
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