在职残疾军人去工商管理部门申请营业执照，是与普通公民申请营业执照一样的规定和流程，并没有特别优待的。但是抚恤金不计入收入和缴纳个调税同时享受以下的税收优惠政策。
一、残疾人税收优惠政策：
1、《营业税暂行条件》第八条第二款：残疾人员个人提供的劳务免征营业税；
2、《增值税暂行条例》第十五条第六款：由残疾人的组织直接进口供残疾人专用的物品免征增值税；
3、《个人所得税法》第五条第一款：残疾、孤老人员和烈属的所得可以减征个人所得税；
二、退役（转业）军人税收优惠政策：
1、《财政部 国家税务总局关于自主择业的军队转业干部有关税收政策问题的通知》（财税[2003]26号）： 一、从事个体经营的军队转业干部，经主管税务机关批准，自领取税务登记证之日起，3年内免征营业税和个人所得税。二、为安置自主择业的军队转业干部就业而新开办的企业，凡安置自主择业的军队转业干部占企业总人数60％（含60％）以上的，经主管税务机关批准，自领取税务登记证之日起，3年内免征营业税和企业所得税。
2、《财政部 国家税务总局关于扶持城镇退役士兵自谋职业有关税收优惠政策的通知》（财税[2004]93号）：一、对为安置自谋职业的城镇退役士兵就业而新办的服务型企业（除广告业、桑拿、按摩、网吧、氧吧外）当年新安置自谋职业的城镇退役士兵达到职工总数30％以上，并与其签订1年以上期限劳动合同的，经县级以上民政部门认定，税务机关审核，3年内免征营业税及其附征的城市维护建设税、教育费附加和企业所得税。上述企业当年新安置自谋职业的城镇退役士兵人数不足职工总数30％，但与其签订1年以上期限劳动合同的，经县级以上民政部门认定，税务机关审核，3年内可按计算的减征比例减征企业所得税。减征比例=（企业当年新招用自谋职业的城镇退役士兵人数÷企业职工总数×100％）×2。二、对为安置自谋职业的城镇退役士兵就业而新办的商业零售企业，当年新安置自谋职业的城镇退役士兵达到职工总数30％以上，并与其签订1年以上期限劳动合同的，经县级以上民政部门认定，税务机关审核，3年内免征城市维护建设税、教育费附加和企业所得税。上述企业当年新安置自谋职业的城镇退役士兵人数不足职工总数30％，但与其签订1年以上期限劳动合同的，经县级以上民政部门认定，税务机关审核，3年内可按计算的减征比例减征企业所得税。减征比例=（企业当年新招用的自谋职业的城镇退役士兵人数÷企业职工总数×100％）×2。对于新办的从事商品零售兼营批发业务的商业零售企业，凡安置自谋职业的城镇退役士兵并与其签订1年以上期限劳动合同的，经县级以上民政部门认定，税务机关审核，每吸纳1名自谋职业的城镇退役士兵，每年可享受企业所得税2000元定额税收扣减优惠。当年不足扣减的，可结转至下一年继续扣减，但结转期不能超过两年。三、对自谋职业的城镇退役士兵在《国务院办公厅转发民政部等部门关于扶持城镇退役士兵自谋职业优惠政策意见的通知》（国办发［2004］10号）下发后从事下列行业的，可以享受如下税收优惠政策：a、从事个体经营（除建筑业、娱乐业以及广告业、桑拿、按摩、网吧、氧吧外）的，自领取税务登记证之日起，3年内免征营业税、城市维护建设税、教育费附加和个人所得税。b、从事开发荒山、荒地、荒滩、荒水的，从有收入年度开始，3年内免征农业税。c、从事种植、养殖业的，其应缴纳的个人所得税按照国家有关种植、养殖业个人所得税的规定执行。d、从事农业机耕、排灌、病虫害防治、植保、农牧保险以及相关技术培训业务，家禽、牲畜、水生动物的配种和疾病防治业务的，按现行营业税规定免征营业税。
3、《财政部 国家税务总局关于加强军队转业干部 城镇退役士兵 随军家属有关营业税优惠政策管理的通知》（财税[2005]18号）：《财政部 国家税务总局关于自主择业的军队转业干部有关税收政策问题的通知》（财税[2003]26号）第一条、《财政部 国家税务总局关于扶持城镇退役士兵自谋职业有关税收优惠政策的通知》（财税[2004]93号）第三条、《财政部 国家税务总局关于随军家属就业有关税收政策的通知》（财税[2000]84号）第二条，规定对从事个体经营的军队转业干部、城镇退役士兵和随军家属，自领取税务登记证之日起，3年内免征营业税。个体经营是指雇工7人（含7人）以下的个体经营行为，军队转业干部、城镇退役士兵、随军家属从事个体经营凡雇工8人（含8人）以上的，无论其领取的营业执照是否注明为个体工商业户，军队转业干部和随军家属均按照新开办的企业、城镇退役士兵按照新办的服务型企业的规定享受有关营业税优惠政策。
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