要看实际的纠纷情况，以及诉讼请求。小产权房属于违法用地，不能登记发证，也就是说其权益不能得到物权的保护。但在小产权房上发生的纠纷是可以提起民事诉讼的，至于是否能胜诉则要根据实际情况而定。人民法院审理民事案件，会以事实为根据，以法律为准绳。
法律依据：
《关于农村集体土地确权登记发证的若干意见》十、严格规范农村集体土地确权登记发证行为
结合全国土地登记规范化检查工作，全面加强土地登记规范化建设。严格禁止搞虚假土地登记，严格禁止对违法用地未经依法处理就登记发证。对于借户籍管理制度改革或者擅自通过 “村改居” 等方式非经法定征收程序将农民集体所有土地转为国有土地、农村集体经济组织非法出让或出租集体土地用于非农业建设、城镇居民在农村购置宅基地、农民住宅或 “小产权房” 等违法用地，不得登记发证。对于不依法依规进行土地确权登记发证或登记不规范造成严重后果的，严肃追究有关人员责任。
《中华人民共和国民事诉讼法》第七条：人民法院审理民事案件，必须以事实为根据，以法律为准绳。