南京博物院和南京博物馆的区别有：侧重点不同、级别不同、存量不同、地址不同、历史不同。
1、侧重点不同：南京博物院是中国三大博物馆之一，一院六馆，由历史馆、艺术馆、特展馆、数字馆、民国馆和非遗馆组成；南京市博物馆是一座保留了红墙黄瓦的博物馆，是南京市博物总馆分支机构，是一座综合性历史艺术类博物馆。
2、级别不同：南京博物院是全国重点文物保护单位，南京博物馆是江苏省重点文物保护单位。
3、存量不同：南京博物院是国家级文物单位，在中山门内旁边，保存文物从远古至民国数千年的文物，量多又大，在全国文物单位中也是前三的大型博物馆；南京博物馆属南京市政府管辖的市级文物单位，在朝天宫，保存文物量不是很多。
4、地址不同：南京博物院在江苏省南京市玄武区中山东路321号，南京博物馆在南京市秦淮区朝天宫四号。
5、历史不同：南京博物院其前身是民国二十二年，蔡元培等倡建的国立中央博物院，是中国创建最早的博物馆、中国第一座由国家投资兴建的大型综合类博物馆；南京市博物馆前身为建国初期成立的南京市文物保管委员会，1978年南京市博物馆正式挂牌。
以上内容参考百度百科-南京博物院
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