元朝有佛教、伊斯兰教、基督教、摩尼教等多种宗教。元朝的建立大大增加了中国穆斯林的数量。然而，与西方可汗不同，元朝从未皈依伊斯兰教。相反，元朝创始人忽必烈青睐佛教，尤其是藏传佛教。因此，藏传佛教被确立为事实上的国教。
在汗八里(今北京)设立了最高的部门和政府机构——宣政院(玄政院)，监督整个帝国的佛教僧侣。因为忽必烈只尊重藏传佛教的萨迦派，其他宗教就不那么重要了。他和他的继任者在朝廷里设立了一个萨迦教师(释师)。元朝末以前，有14位萨迦派首领担任御史，享有特殊的权力。
此外，蒙古人对佛教的赞助导致了许多佛教艺术的纪念碑。从1300年以后，蒙古佛教的翻译开始大规模地进行，几乎都是从藏传佛教开始的。许多上层阶级的蒙古人，如Jalayir和Oronar贵族以及皇帝也资助儒家学者和机构。大量的儒家和中国历史著作被翻译成蒙古文。
大乘佛教菩萨——袁青白陶瓷观音像
同时蒙古人进口中亚穆斯林作为管理员在中国,蒙古人也从中国派遣汉斯和契丹人作为管理员在中亚穆斯林人口在布哈拉,使用外国人限制当地人民的土地的权力。
成吉思汗和随后的元朝皇帝禁止伊斯兰教的做法，如清真屠宰，强迫穆斯林使用蒙古人屠宰动物的方法，其他限制程度继续存在。穆斯林不得不秘密宰杀羊。
成吉思汗直接称穆斯林和犹太人为“奴隶”，并要求他们遵循蒙古人的饮食方式，而不是清真饮食方式。割礼也被禁止。犹太人也受到蒙古人的影响并被禁止吃洁食。
在所有的外来民族中，只有回族说“我们不吃蒙古菜”。[成吉思卡安回答:]“上天保佑，我们已经平息了你们;你们是我们的奴隶。你们却没有吃我们的食物，也没有喝我们的水。这怎么可能是对的?他就叫他们吃了。“如果你杀羊，你将被认为是有罪的。
“他发布了这样一条规定……(1279/1280年，在库比莱的统治下)所有的穆斯林都说:“如果有人屠杀(动物)，我们就不吃”。因为穷人对此感到不安，从现在开始，Musuluman[穆斯林]慧慧和Zhuhu[犹太]慧慧，无论谁杀[动物]将吃[它]，必须停止宰杀羊，停止割礼仪式。
在伊斯帕起义中，色木班的穆斯林反抗元朝，但叛乱被元朝忠司令官陈佑定镇压，穆斯林被屠杀。一些穆斯林社区的中文名字是“兵营”，也有“谢谢”的意思;许多回族穆斯林声称，这是因为他们在推翻蒙古人的过程中发挥了重要作用，汉族为了感谢他们的帮助而将回族命名为回族。
在明朝攻占云南期间，穆斯林将军穆英和兰禹率领忠于明朝的穆斯林军队对抗蒙古和忠于元朝的穆斯林军队。
忽必烈建立的政体在政治上是蒙古封建世袭制与中国传统的专制-官僚制之间妥协的产物。然而，在社会上，受过教育的中国精英们普遍没有得到以前中国本土朝代给予他们的尊重程度。尽管中国传统精英没有给予他们的权力分享,蒙古人与地人(各盟军从中亚和帝国的西端)很大程度上仍然是陌生人中国文化的主流,这种二分法给元政权有些强烈的“殖民”色彩。
这种不平等的待遇可能是由于害怕权力移交给华人统治。蒙古人和三木仁人在朝代获得了一定的优势，即使在14世纪早期科举制度恢复后，这种优势仍然存在。总的来说，与波斯人在伊尔汗国达到最高职位的可能性相比，很少有北方中国人或南方人达到政府的最高职位