板蓝根这种药物并非完全没有副作用，必须在医生指导下适量服用，不可长期、大量的服用，更不能像喝茶一样饮用。使用板蓝根冲剂造成小儿过敏反应、肠胃道出血和造血系统受损害的病人时有发生，而肌肉注射板蓝根也会发生过敏反应，注射后引起血尿，使用时不能不小心。 板蓝根其实是用两种分别名为菘蓝和草大青的根干燥以后做成的，药中含有抑致病菌物质，具有一定的抗菌、抗病毒作用，有“清热解毒、凉血止血”等功效，对感冒、流感、流行性脑炎、腮腺炎、红眼病、麻疹等春季常见病有较好的预防和治疗作用。 板蓝根具有体外广谱抗菌的作用，可以抵抗痢疾细菌、沙门氏细菌、溶血性链形菌，抗病毒以及带有消炎、止痛、退热作用的传统草药。在动物身上做试验发现它能促进或激发免疫作用，增加体内的白血球。 到现在为止，采用现代医学方法研究板蓝根的报告并不多见，也还没有人从研究药物的角度去比较它和其它抗生素的抗菌作用哪个更好，如红霉素、四环素、以及新一代的抗生素如阿奇霉素、克拉霉素、多西环素等。 板蓝根虽然长期服用后会增加白血球的含量，但至今没有临床病例显示，板蓝根会导致白血病的发病。相反，白血病的治疗板蓝根还是很好的辅助药。
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