合工大的王牌专业有信息管理与信息系统专业、机械设计制造及其自动化专业、测控技术与仪器专业、土木工程专业。
1、信息管理与信息系统专业。
合肥工业大学管理学院现有7个本科专业，其中信息管理与信息系统专业是国家级一流本科专业建设点，国家级特色专业，拥有国家级教学团队和教学名师，拥有学士、硕士和博士学位授予权。
该专业培养掌握管理学、经济学和信息学基础理论，以及信息系统开发、大数据分析、信息资源管理等相关技术知识，具有一定的科研能力、实践能力以及创新创业能力的高素质、复合型人才。
2、机械设计制造及其自动化专业。
合肥工业大学1945年建校时就设立机械科，机械工程学科是国家211、985优势创新平台重点建设学科和国家双一流重点建设骨干学科。学科于1999年获准机械工程博士后流动站，
2000年获得机械工程一级学科博士学位点，2007年机械设计及理论获批国家重点学科。机械设计制造及其自动化专业通过国际工程教育专业认证，是合肥工业大学热门专业，是国家级特色专业，入选首批国家一流本科专业建设点。
3、测控技术与仪器专业。
仪器科学与技术学科是该校最早具有博士授予权的学科之一。在教育部学位中心2012年全国学科评估中排名第十；在第四轮全国学科评估为B+，全国排名第八。
测控技术与仪器专业是合肥工业大学最好的10个专业之一，安徽省教改示范专业，教育部首批全国仪器类工程教育专业认证专业，国家级特色专业，2019年获批国家级一流本科专业建设点。
4、土木工程专业。
土木工程专业是国家级特色专业、国家首批“卓越工程师培养计划”试点专业和国家综合教改示范专业，入选国家级一流本科专业建设点，下设建筑工程、道路与桥梁工程、岩土工程、工程管理4个方向。
2019年设置土木工程创新实验班，2021年获批智能建造新工科专业。土木工程学科是安徽省优势重点学科，在全国第四轮学科评估中获评B等级。