一、职位不同：
科技局属于国家行政机关，里面就是所谓的公务员。
科协属于社会团体，但比较特殊，是参照公务员法管理单位，编制由组织部确定，属于同级相关主管部门管辖下，相同性质的还有作协，红十字会等。
二、职能不同：
科协主要任务是开展学术交流，活跃学术思想，促进学科发展，推动自主创新。中国科协以及省市区科协的一些下属单位是事业单位。
科技局是管理科技事物、行政执法。
三、性质不同：
“科协”，是科学技术协会简称，是科技工作者的群众组织和人民团体，不是政府部门，没有行政执法权，因而也不属于行政单位。
各级科学技术学会，作为同级党和政府联系科学技术工作者的桥梁和纽带，作为推动科学技术事业发展的重要力量，主要任务是开展学术交流，活跃学术思想，促进学科发展，推动自主创新。中国科协以及省市区科协的一些下属单位是事业单位。
科学技术局，研究拟定科技发展战略、中长期规划和年度计划；研究提出合理配置科技经费的意见和建议；负责归口管理的科学事业费、“科技三项费用”等有关经费的预、决算。
扩展资料：
科技局单位职能：
1、贯彻执行国家有关科技工作的方针、政策和法律、法规；研究拟定科技发展和科技促进经济与社会发展的政策措施；会同有关部门制定有关科技体制改革和科技创新体系总体规划，并组织实施。
2、研究拟定科技发展战略、中长期规划和年度计划；研究提出合理配置科技经费的意见和建议；负责归口管理的科学事业费、“科技三项费用”等有关经费的预、决算。
3、研究提出高新技术发展计划及产业政策措施，并组织实施；负责申报、认定高新技术企业、高新技术产品和高新技术成果转化项目；指导高新技术产业开发区和科技示范园区工作；参与高新技术风险投资管理。
4、研究拟定加强技术创新、加强科技成果产业化的政策措施；组织实施科技攻关计划、火炬计划、星火计划、科技成果推广计划、农业良种产业化工程、国家技术创新试点城市工作和可持续发展示范项目；组织协调产学研结合，加强企业与大专院校、科研单位的科技联合与协作。
5、归口管理科技成果、科技奖励、科技保密、技术市场和科技信息市场；协调组织与科技相关的知识产权保护工作；负责《中华人民共和国合同法》中有关技术合同规定的实施和监督检查。
6、参与编制重点科学工程等科技基地的建设规划；编制实施重点实验室、中试基地、工程技术研究中心等科技基地的计划；负责新建和调整科研机构的审核、申报工作；负责民营科技企业的认定、审批及管理工作；负责科技型中小企业认定和创新基金的归口管理。
7、归口管理科技外事工作，组织开展对外科技合作与交流，协同有关部门组织技术出口和技术引进、消化、创新工作。
8、负责管理软科学研究、科技信息、科技宣传工作；统筹协调科普工作；指导科技咨询、招标、评估等科技中介服务机构的工作；负责科技统计工作。
9、协同有关部门研究有关科技人员的政策，参与地方科技管理人员的教育培训工作。
10、承办党委、政府交办的其他事项。
参考资料来源：百度百科-科技局