运苗过程常易引起苗木根系吹干和磨损枝干、根皮。因此，应注意保护，尤其长途运苗时更应注意保护。苗木挖好后，应按照“随挖、随运、随栽”的原则，即尽量在最短的时间内将其运至目的地栽植。
带土球苗装运时，苗高不足2米者可立放；苗高2米以上者应使土球在前，梢向后，呈斜放或平放，并用木架将树冠架稳，根部应用苫布盖严，并用绳捆好。土球直径小于20厘米的，装2层或3层，并应装紧，防止车开时晃动；土球直径大于20厘米者，只许放一层。运苗时，土球上不许站人或压放重物。
树苗应有专人跟车押运，经常注意苫布是否被吹开。短途运苗，中途最好不停留；长途运苗，裸露根系易吹干，应注意洒水。休息时车应停在阴凉处。苗木运到应及时卸车；要轻拿轻放，对裸根苗不应抽取，更不许整车卸下。经长途运输的裸根苗木，根系较干者，应浸水1～2天。带土球小苗应抱球轻放，不应提拉树干。较大土球苗，可用长而厚的木板斜搭于车厢，将土球移至板上，顺势慢滑卸下，不能滚卸以免散球。