法院对于小产权房所有权一般不会予以分割，只会对其使用权进行分割，即法院应当根据案件实际情况，判决由一方当事人使用，并由使用的一方给予另一方适当的补偿。
夫妻双方的共同财产应当为夫妻关系存续期间依法取得的财产性权利，一般应当包括物权、债权、股权、知识产权、继承权五大类型。对于小产权房等各类有行政审批瑕疵或限制交易的房屋，虽然不能依法进行物权登记或变更登记，但考虑到这类房屋作为一种客观存在的财产形态，能够为权利人占有、使用、收益，本着《物权法》“定分止争、物尽其用”的基本精神，原则上应当根据实际情况对其所有权或使用权的权利归属作出处理，但应当针对不同的情况加以区别对待
（一）小产权房是“房”， 具有房屋的一切物理属性，它与大产权房屋的使用性是一样的。夫妻离婚时争执最大的就是房屋，对该财产法院不分割显然不会定纷止争。
（二）小产权房屋没有产权，也就是没有物权，但具有相应的财产权益，夫妻离婚时应对房屋本身具有的财产权进行分割。因为购买时也不是按照有物权的房屋价格购买的，所以分割时也不能按照物权价格来分。但房屋毕竟有一个增值因素，双方对小产权房屋的市场价可以进行议价，议价不成时可以进行重置价评估，要房的一方应给对方市场价一半的补偿。
（三）小产权房屋的分割仅限于共同所有人，不具有对世权。在一些离婚、共有等案件中，人民法院应充分论证房屋的性质，明确说明分割的是财产权，且财产权益仅限于相对人，不具有对世权，避免当事人企图通过法院裁判文书的形式使小产权房得到合法确认。
在处理相关房屋的使用权时，可能涉及两种不同的情形：
（1）针对房屋的使用权直接进行分割，即对房屋进行分割使用。
（2）由一方获得诉争房屋的全部使用权，而由获得房屋使用权的一方向另一方进行折价补偿，在这种情况下，为了使双方的利益最大化，在房屋折价时，可能会采用竞价方式确定价格。当事人应当根据案件的实际情况进行不同的选择。
法律依据：
《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释（一）》第七十七条，离婚时双方对尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋有争议且协商不成的，人民法院不宜判决房屋所有权的归属，应当根据实际情况判决由当事人使用。
当事人就前款规定的房屋取得完全所有权后，有争议的，可以另行向人民法院提起诉讼。
《中华人民共和国民法典》第二百四十条规定：“所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利”。小产权房所有人对小产权房仅享有占有、使用和收益的权利，没有处分的权利。
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