“东南互保”这一历史事件的发生有其深刻的历史原因。
第一，太平天国运动以后，清政府对地方的控制力大大削弱，而汉族地主势力逐步崛起。比如：左宗棠西征的时候，粮饷还需要自筹，军队实际上成为汉族地主的私人武装。清廷在政治上不得不依靠汉族大员曾国藩、李鸿章、左宗棠、张之洞等；军事上，八旗和绿营都靠不可靠，湘军、淮军等军队成为清廷可以依靠的国防力量。洋务运动中所办的轮船招商局、江南制造总局、汉阳铁厂兵工厂等企业，实际上成为地方大员们的私产。这种情况下，地方势力很强大，成为尾大不掉之势。地方大员联合起来，其力量足够能够对抗清朝中央政府。但是，中国的士大夫们面对内忧外患，并没有人站出来反叛清廷，甚至还在维护清廷形式上的统一。
第二，洋务运动并没有实质性地增强中国的军事力量。第二次鸦片战争以后，中国士大夫们提出“师夷长技以自强”。但是洋务运动没有一个中央政府的统一领导，几个热衷于洋务的督抚们各自为战，各吹各的号，各拉各的调，导致生产效率低下，产量和质量都不能保证。当时候，各洋务企业仿制生产的步枪和火炮型号、口径不一。搞了30年的洋务，清军武器不仅远不能自给自足，更没有形成制式化、统一化。遇到战事，清军的武器更是保证不了，比如：中法战争期间，还需要从多国进口轻重武器。甲午战争彻底宣告了洋务运动的失败。所以说，对于国家运行体制上已经病入膏肓的晚清，洋务运动并没有带来军事体制上的进步，更没有给军事力量带来实质上的提升。所以，清廷对外宣战，地方实力派根本没有信心一战，能自保就烧高香了。
第三，慈禧太后对外宣战一事做的寥寥草草，态度不明。“宣战诏书”只是下传到内阁，没有完全送达各省督抚，更没有传给列强们。那么为什么清廷要对外宣战呢？首先，义和团借“扶清灭洋”的口号进京后，把京城搞得乌烟瘴气，实际上慈禧已经控制不住这些“大师兄、二师兄”了；列强们看到义和团到处烧教堂、杀洋人，自然是坐不住的，给清廷施加压力，其中一条还提到让慈禧把手中的权利给了光绪；慈禧这个人“嗜权如命”，一气之下又想借义和团怒怼洋人，才发生了攻打使馆区和宣战一事。当宣战诏书下至各地方时，各地的态度更有意思，首先是邮政大臣盛宣怀下令各地电信局将清廷召集义和团民及宣战诏书扣押，只给各地督抚观看，并且电告各地督抚，不要服从此命令。两广总督李鸿章直接复电：“此乱命也，粤不奉诏”，……。湖广总督张之洞甚至提出“李鸿章大总统”方案：一旦北京不保，就共同推举李鸿章出任中国“总统”以主持大局。
第四，“东南互保”不能看成是投降行为。一是它客观上使全国大部分行省免遭战火蹂躏；二是各省督抚并没有真正背叛朝廷搞独立，甚至还派兵送枪送弹保护“西狩”中的慈禧；三是“议和”等擦屁股的事，还是依靠东南互保的领袖之一李鸿章去解决，尽最大的努力去减轻列强们的剥削；四是清廷返京后，没有仔细追究“东南互保”的责任，其实也没能力追究。