农村卫生室业务方面主要归镇卫生院管，如果是人员资格等方面则归县一级卫生局管。村卫生室属于村委会或政府举办的乡镇卫生院管理。
法律依据：《村卫生室管理办法（试行）》第二十二条 政府举办的村卫生室要按照公开、公平、择优的原则，聘用职业道德好和业务能力强的人员到村卫生室执业。鼓励有条件的地方由乡镇卫生院派驻医师到村卫生室执业。
第四十五条 各地应当在房屋建设、设备购置、配套设施等方面对村卫生室建设给予支持。由政府或集体建设的村卫生室，建设用地应当由当地政府无偿划拨，村卫生室建成后由村委会或政府举办的乡镇卫生院管理。