1949年10月，新中国诞生了。当月，彭洪随着边纵一支队五团的队伍进入海城。此后相当长一段时间，他作为县委干部，一直坚持在农村第一线工作，脚踏实地，将对党、对人民的爱倾注在工作中。
1952年，他在海丰县度头镇园山乡搞土改复查，坚决执行党的政策，纠正了土改期间错划阶级成分等违反政策的案件。
1954年，为贯彻中央关于组织合作社的指示，在县委领导下，深入海丰县陶河镇新地村，办起全县第一个合作社。
1954年底至1958年他任县长，为抓好生产，提高群众的生活水平，他经常深入乡村，搞试点和蹲点，了解农村生产的第一手资料。他踏实深入的工作作风赢得农民和基层干部的赞赏。为解决海丰县缺医少药，医疗条件差的问题，他多次到省里向柯麟同志和古大存省长反映意见，提出建议，在省政府和卫生厅的支持下，于1957年建成了海丰最大的综合医院—— 彭湃纪念医院，改变了海丰县的卫生医疗状况。
从1949年11月至1964年，他历任海丰县委组织部干事、组织部长、中共海丰县十区区委书记、中共海丰县委委员、中共海丰县委第一副书记兼县长。
然而，道路并不平坦，各种考验接踵而至。1956年彭洪被推选为党的第八次全国代表大会代表。就在他于北京出席党的第八次全国代表大会，根据会议精神构想描绘着建设海丰的蓝图时，广东却错误地大反地方主义。他生于斯、长于斯，爱这片土地，了解这方人民，而且又担任着县长职务，是个实权派人物。于是，无可避免地首当其冲。
1957年底，他被停职了!县委派他去水库工地当宣传科长。一切从头开始！然而，只要能为党为人民做点好事，又何须计较个人得失。一些同志为他打抱不平，劝他不要去工地，他在日记中写道：“个人荣辱算不了什么，只要能做点有益于人民的事，就是我最大的满足。”怀着对党、对人民满腔的热情，他全副身心投入到公平水库的建设中。当时他身患肝炎，但仍夜以继日奋战在工地上。修筑堤坝的农民兄弟问他：“老彭，我们白天开工见到你，晚上开工又见你，你不用睡觉呀？”
他说：“水库不能按时完成任务我睡不安心呀。我们大家一起努力，早一天建成水库，我们海丰的农业、工业和人民就能早一天受益呀。”他的行动感动了修建水库的民工们，他们一起奋战数月，提前完成了任务。在这次修建公平水库的奋战中，他荣获了二等功。
正当彭洪因地方主义问题而被降职使用的时候，大跃进和人民公社化的号角响彻了神州大地。作为一名党员，他感到欢欣鼓舞，也曾满怀热情地投身于这场运动。可是不久，他看到虚报产量等浮夸风在全国愈演愈烈时，心情不禁沉重起来。1959年8月，他的地方主义问题得到了澄清，重新被启用，担任县委委员兼副县长及县委常委。一次，县委召开反“瞒产 ”大会，会上他对将斗争矛头指向基层干部的做法提出了不同看法。认为农村工作和抓农业生产一定要坚持实事求是的精神，对于一些真正有瞒产事实的干部也应以说服教育为主，而不宜用斗争的方式。但他的意见遭到县委的否决。有些干部还指责他太右了。不久，海丰滩镇一位基层干部因为坚持实事求是地报真实产量，被指为瞒产遭批斗，最后悲愤地跳楼自杀。消息传来，彭洪心绪难平，他长期在农村第一线工作，清楚这股浮夸风刮下去对农村工作将会造成多大的损害。多少个夜晚，他挑灯夜读《毛泽东选集》和刘少奇的《论共产党员的修养》，希望从中寻找正确的答案。自从投进党的怀抱以来，他又一次感到坚持党的实事求是作风与贯彻执行上级指示的冲突与矛盾。无奈和歉疚撕啃他的心，令他这段时期的心境极为恶劣。
由于人为的原因及自然灾害，1960年至1962年期间，海丰也像全国一样发生了严重的饥荒。部分地区因饥饿还出现了死人和水肿病。分管文教、卫生线的彭洪心急如焚，他积极调配和组织医务人员奔赴灾区，抢救水肿病人，之后又采取集中就医的办法对病人进行治疗和抢救。当时对水肿病人照顾配发白糖，县政府的同志知道彭洪有肝病，又见他天天深入灾区，废寝忘食，因此就叫人送了二斤白糖到他家给他补充营养。可他从灾区回到家，得知县政府给他送来了两斤白糖，二话没说马上就将白糖送回县政府办公室。
在他复职主管文教卫生工作的日子，他狠抓县立重点中学彭湃纪念中学的教学质量，亲自与校长、老师研究教学方案和升大辅导计划，经采取多种措施，彭湃中学的教学质量大大提高，升大学率达70%，成为当时升学率较高的省重点中学之一。
1963年，他再次担任县委书记和县长，着手整治龙津河，解决海丰人民的饮水问题。龙津河是海丰的母亲河，她贯穿海丰县，注入太平洋。但由于防洪需要，入海口处砌起了大坝，使河流的水质发生了变化。1963年，有些老百姓投诉，水井的水变浊了，认为与水源龙津河有关。彭洪获悉后，认为这是关系到人民饮水用水及身体健康的大事，当即积极组织技术人员进行勘测、调查，多次与有关部门开会，制订治理方案。在他调离海丰之前，整治龙津河的蓝图己经出来，并已准备施工。
1964年春天，经国家立项，由中国农业科学院、广东省农业科学院、华南农学院联合成立一个“水稻生态研究所”，我国著名的农业专家、中国农业科学院院长丁颖教授担任该所的所长。该所成立伊始，丁教授请广东省委组织部推荐一位善于做知识分子思想工作的干部到研究所当书记，配合他的工作。当时省委组织部的廖似光大姐向丁老推荐了彭洪。当丁老获悉他是农民运动领袖彭湃的儿子，而且又有多年的农村工作经验，了解农业，了解农民，当即拍板说：“这个人我要定了！”就这样，彭洪听从组织的安排，于1964年7月离开了他生长和工作多年的故乡，举家从海丰迁到了广州，来到了一个他陌生的高等学府——华南农学院（华南农业大学）。在这里他担任华南农学院党委委员、水稻生态研究所副主任兼党支部书记。
