北京八一儿童医院和北京儿童研究所都是优秀的儿童医疗机构，各有其独特的优势和特点，无法简单地判断哪个更好。
首先，两家医院在医疗水平和专业技术方面都有很高的水准。北京八一儿童医院注重临床实践，拥有丰富的医疗资源和经验，特别是在小儿外科、小儿心脏病等领域有着较高的声誉。而北京儿童研究所则更注重科研和学术交流，拥有许多顶尖的儿童医学专家，进行了大量的科研项目，推动了儿童医学的发展。
其次，两家医院的服务特色和理念也有所不同。北京八一儿童医院更注重人文关怀，为患儿和家庭提供全方位的医疗服务，医疗环境也相对更为温馨舒适。而北京儿童研究所则更注重科技创新和成果转化，致力于将最新的科研成果应用于临床实践中，为患儿提供更加前沿的治疗手段。
因此，无法简单地判断哪个更好，需要根据患儿的具体情况和需求来选择适合的医疗机构。如果家长更加注重临床实践经验和全方位的医疗服务，可以选择北京八一儿童医院；如果更加注重科技创新和前沿的治疗手段，可以选择北京儿童研究所。无论选择哪个医疗机构，都需要根据患儿的具体情况和需求来进行选择，确保能够得到最好的医疗服务。