此后历代帝王不断加封孔子，扩建庙宇，到清代，雍正下令大修，扩建成现代规模。庙内共有九进院落，以南北为中轴，分左、中、右三路，纵长630米，横宽140米，有殿、堂、坛、阁460多间，门坊54座，“御碑亭”13座。游览孔庙应着重游览中轴线上的奎文阁、十三碑亭、杏坛、大成殿及其两庞的历代碑刻。奎文阁，其名乃取二十八星宿之一，主文章兴衰的奎星而为奎文。奎文阁为藏书阁，阁内原藏历代帝王对孔子的赐书墨迹。阁廊下东侧立李东阳撰书《奎文阁赋》碑；西侧立《奎文阁重置书籍记》碑。经历代战乱，阁内藏书已大部散失。十三碑亭位于大成门前东西两侧院内。十一碑亭中，矗立着唐、宋、元、明、清各个朝代的各类御碑53方，充分表现了孔千在封建社会的崇高地位。杏坛位于大成殿前甬道正中，传为孔子讲学之处，坛旁有一株古桧，称“先师手植桧”。杏坛周围朱栏，四面歇山，十字结脊，二层黄瓦飞檐，双重半拱。亭内细雕藻井，彩绘金色盘龙，其中还有清乾隆“杏坛赞”御碑。亭前的石香炉，高约1米，形制古朴，为金代遗物。
大成殿为孔庙之主殿，唐代称“文宣王殿”。“大成”乃因宋徽宗赵倩尊孔子为“集古圣先贤之大成”而改名为“大成殿”，并御书匾额。大成殿不仅殿宇宏大，装饰华丽，为全国孔庙之冠，而且此殿前檐十根雕龙石柱，龙姿飞扬，为宫殿建筑中前所未见，连紫禁城的龙柱也相形见细。据传每当皇帝前来祭孔时，要将龙柱用红缕包裹起来，以免皇帝发现，犯杀头之罪。殿内正中奉把孔子塑像，两旁为四配和十二哲的塑像。殿前东西民廊原供孔门弟子及儒家历代先贤，现已辟为陈列室，陈列着历代碑刻，为书法、绘画、雕刻的艺术宝库。寝殿后的圣迹殿，藏有明代石刻连环画120幅，记述了孔于的业迹。故宅井后的鲁壁为秦始皇焚书坑儒时，孔子第九代孙孔鲍收藏《尚书》、《礼记》、《论语》、《孝经》等的夹墙，人们为了纪念孔鲍保护古代文化的功绩，特地修建了这个鲁壁。
