流动人口其特点是流动性大、隐蔽性强，人员身份错综复杂，再加上社会成分的多员化，给计划生育管理与服务带来了一系列的难点问题。如：从业和居所变动频繁、人员户籍属性复杂、无有效证件或配合不主动等等因素，使管理难度非常大，再加上缺乏及时、准确的信息交流和有效的制约手段，那么计划外生育就难以遏制。
二、存在的问题
（一）政策方面：
1、法规要求差异问题。由于各地方流动人口的计划生育管理法规是根据各地方自己的具体情况制定的，因此在某些方面存有不同的差异（如：有的地区要求育龄群众每年办一次婚育证明，婚育证明夫妻合用一证等。）使流动人口这一高流动性的群体,在不同地区面临着不同的法规而产生很大的困惑，给管理也带来一定的困难。
2、人口身份界定问题。管理对象在流动人口的管理法规上身份界限定义不十分明确，什么是流动人口、外来人口、暂住人口这一基本概念至今没有统一的界定，还有“两半户”和跨区经商、打工人员以及商品楼、开发区的住户归属界定不清，人户分离，导致管理对象混乱。
3、时限口径不一问题。全国“一盘棋”工作机制尚未完全建立，管理口径不一。一个流动人口什么时候开始属于流入地管理,没有统一标准。国家的《流动人口计划生育工作管理办法》规定了“成年流动人口到现居住地乡(镇)人民政府或街道办事处交验婚育证明”,但是，到居住地后交验时间没有界定。《甘肃省流动人口计划生育管理办法》，虽然规定了交验时限：“育龄流动人口应当在到达现居住地15日内，到乡（镇）人民政府或者街道办事处交验《婚育证明》，…”但是，公安部门对暂住人口办理暂住证件的时间和工商等部门办事程序要求又与我们相关法规、措施要求的时间段和年龄段上口径不相同,造成流动人口的管理不协调，不同步，无法落实一证制管理。
4、相关部门的条块目标责任不明确，综合治理没有真正形成有效的管理格局。
（二）管理方面
1、认识不足。由于流动人口的特殊性，往往使管理人员产生一种随机性的管理动机，认为做的再实、再好也是暂时的，变动太大，不如什么时间考核什么时间突击检查。另外还有一些单位领导抓计生工作的观念淡薄，重视不够，协调不力。
2、人员不足。管理队伍远远跟不上人口流动发展的需要，造成基层的工作人员累死也无法完成指标要求任务而怨声载道，这样会使工作出现不实现象。
3、经费不足。多年来，从上到下都没有设立流动人口计生管理专项经费，当地政府投入的计生经费，只能保证常住人口计生工作的需要，而无力满足流入人口的管理、服务需要。
4、措施不足。在管理当中存在一些问题，（如：没有可制约的办法，不许押保证金使管理被动，使信息反馈单和环孕情报告单回寄率降低），按条理规定该处罚的难以实施，流出违规人口罚不见人，流入违规人口你罚他走，使处罚难以兑现。签合同也只约束了管理一方，达不到双方制约管理目的。
5、 力度不足。由于各相关部门的办事程序和时限要求与计划生育的管理程序和时限要求脱节（工商“办照”程序则以〈暂住证〉为主要凭据，而公安的暂住证是以16周岁以上，居住在三个月以上才办理〈暂住证〉），因此，一证管多证实为落空。另外，还有相当一部分人既不办暂住证，也不办营业证，而计生管理队伍又势单力薄，检查执法难度很大。
6、协作不足。因地域差异和管理认识不到位等因，再加之流入人员以种种理由不提供《身份证》无法上信息平台，又缺乏制约手段，使信息反馈率和信息交流率很难落实。
（三）其他方面
7、户籍复杂。有的“流动人口”离开其户籍所在地可能数年,在现居住地工作、生活多年,这些人只是因为受现行户籍政策限制,没有居住地户籍，有的是空挂户人户分离。这些人原户籍地“管不到”，现居地“难以管”、两地之间衔接又不能到位。最终导致这部分人计划生育管理失控
8、归属不清。随着企业改制,就业方式的多元化，许多“单位人”变为“社会人”。新建居民区、拆迁户、外来人口的日益增多。属地管理的体制没有全面落实到位，形成了计划生育管理上的“盲区”。
9、 游业难扑。由于某些行业游动作业的特点（如：装修，弹棉絮，捡垃圾，打小工等），流动性大、隐蔽性强。还有建筑工地用工，多是短期分段承包，建筑的总承包商与工人之间相隔许多层次,如通过总承包商管理流动人口计划生育工作,其可行性极小，造成管理失控。
10、 管理受阻。由于流动人口基本处于无组织状态，加之管理又缺乏牵制手段，有相当一部分人不愿提供有效证件（如：身份证和婚育证明等），即使多次督办仍然是置之不理，实施处罚则一走了之，难以奏效。
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