主要区别如下：
1、屏幕尺寸不同。SE屏幕为 4英寸，6S屏幕为4.7英寸。
2、屏幕分辨率不同。SE屏幕分辨率为1136x640像素，6S屏幕分辨率为 1334x750像素。
3、前置摄像头像素不同。SE的前置摄像头像素为120W，6S的前置摄像头像素为500W。
4、电池容量不同。SE的电池容量为1642mAh，6S的电池容量为1715mAh。
5、售价不同。SE的价格一般来说都要低于6S。
扩展资料
iPhone SE是美国苹果公司推出的一款新的4英寸iPhone智能手机，该手机是基于iPhone 5s的升级版本。苹果公司将该款产品命名为：iPhone SE（Special Edition），这是名称首次不带数字的iPhone设备。
iPhone SE由苹果公司于美国时间2016年3月21日10点在美国加州库比蒂诺总部举行发布会正式发布。iPhone SE有玫瑰金色，有一个嵌入不锈钢标志，正面和背面底部有玻璃镜面。iPhone SE外观与iPhone 5s基本一致。iPhone SE 16G和64G的美国市场售价分别为399美元和499美元，中国首发售价分别为3288元4088元。
iPhone SE搭载A9处理器，嵌入式M9运动协处理器，内置2GB运行内存，后置1200万像素摄像头，支持Live Photos、VoLTE、4K视频录制等功能。不过相比于iPhone 6s，iPhone SE并不支持3D Touch。
2016年3月21日，2016苹果春季新品发布会发布，iPhone SE是搭配的4英寸显示屏，将于中国时间3月24日星期五开始发售。
iPhone SE在2017年3月21日起不再销售16GB和64GB版本，仅提供32GB 和128GB 存储容量的机型，容量翻倍但价格不变，32GB版为人民币3288 元，128GB为人民币4088元。
参考资料来源：百度百科：iPhone SE
摄像头方面，iPhoneSE使用的是1200万像素的Sight主摄像头，和iPhone6s一样，比iPhone6和iPhone5S的800万像素要好。不过iPhoneSE的前置摄像头依然是120万，F/2.4光圈，而不是iPhone6s的500万像素，F/2.2光圈。
再说TouchID指纹识别，iPhoneSE依然使用的是上一代指纹识别，而非苹果最新的第二代指纹识别传感器，所以指纹识别速度不如iPhone6S。
最后是价格，iPhoneSE的售价是3288元，低于iPhone6的4488元，远低于iPhone6s的4888。