会处罚，不会扣分。
公路运输管理部门可以对面包车拉货进行处罚：
1.根据《中华人民共和国道路运输条例》第三十五条规定：
道路运输车辆运输旅客的，不得超过核定的人数，不得违反规定载货；运输货物的，不得运输旅客，运输的货物应当符合核定的载重量，严禁超载；载物的长、宽、高不得违反装载要求。 违反前款规定的，由公安机关交通管理部门依照《中华人民共和国道路交通安全法》的有关规定进行处罚。
2.根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十四条规定：
违反本条例的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。