考古资料证明，在原始社会晚期，宁都已有人类居住。
春秋属吴国，战国初属越。后楚灭越，全境属楚。
秦统一后，始皇二十六年（前221年）分天下为三十六郡。宁都属九江郡。
西汉属豫章郡。高祖六年（前201年）始置雩都县。宁都为雩都县地，属庐陵郡。
三国吴嘉禾五年（236）建县。
西晋太康元年（280），改阳都为宁都（因境内有太平里，以安宁之意而名为宁都）。此为“宁都”县名之始。迁县治于阳田营（今石上镇王田营村）。太康三年（282）改南部都尉为南康郡（治雩都）。
东晋永和五年（349），南康郡移治赣县（今赣州）。宁都隶之。
南朝·宋永初元年（420）改南康郡为南康国。宁都隶之。大明五年（461），析宁都虔化屯（今东山坝镇大布村）置虔化县（旧志载：县西五里有石状如虎，传由虎化为石。虎为凶物，改为虔，故名虔化，县以此得村名），并属南康国。
南朝·齐永明元年（483）南康国复为南康郡。宁都、虔化均属南康郡。
隋开皇九年（589）灭陈，改南康郡为虔州。虔化并入宁都，隶虔州。开皇十三年，陂阳县（今石城县西）并入宁都县。开皇十八年（598），改宁都为虔化县，隶属如前。迁县治于雪竹坪（今梅江镇）。
唐武德五年（622），虔化属洪州总管府虔州。贞观元年（627），分天下为十道。虔化属江南道虔州。开元二十一年（733）分江南为东西道。虔化属江南西道虔州。元和六年（811），升虔州为上州，虔化为上县。咸通七年（866），升虔州为节镇，号百胜军。虔化隶之。
五代十国时，南唐保大十一年（953），析虔化之石城场置石城县。
宋至道三年（997），分天下为十五路。虔化属江南路虔州。天禧四年（1020），分江南路为东、西路。虔化属江南西路虔州。
宋大观元年（1107），升虔州为望郡，虔化为上县。
宋绍兴二十三年（1153），改虔州为赣州，虔化为宁都。
元至元十四年（1277），置江西行中书省，改赣州为路。宁都属赣州路。
元元贞元年（1295）十一月，升宁都县为州，辖石城县，属赣州路。
明洪武二年（1369），改赣州路为府，改宁都州为宁都县。洪武九年（1376），宁都县属江西布政使司赣州府。
清初沿明制。乾隆十九年（1754），升宁都县为直隶州，辖瑞金、石城二县。
民国二年（1913），宁都复改为县。
民国三年（1914），全国行政区划设省、道、县三级。江西设四道，宁都县属赣南道。
民国十五（1926）年，废道，宁都县直属江西省政府。
1929年，宁都为中央苏区属县。
1931年9月，宁都县分为宁都、彭湃两县。1932年2月，宁都、彭湃两县复并为宁都县。
1933年1月8日，赵博生在南城金溪黄狮渡战役牺牲。同月13日，为纪念赵博生，宁都县改为博生县。
1933年7月，根据中华苏维埃共和国中央人民委员会《关于重新划分行政区划的决定》，宁都分为博生、洛口、长胜三县。隶属如前。
民国二十三年（1934）十月，红军长征北上抗日，仍为宁都县，属江西省第十二行政区，并为专署驻地。
民国二十四年（1935）四月，江西省政府将全省改划为八个行政区，宁都属第八行政区，仍为专署驻地。
1949年8月27日，中国人民解放军解放宁都县城。29日成立宁都县人民政府。同年9月，省人民政府决定设瑞金分区，后未成立，改为宁都分区（1951年6月改称宁都专区）。宁都县隶之，并为专署驻地。
1952年8月29日，撤销宁都专区，并入赣州专区。宁都县属赣州专区。
1954年6月，改赣州专区为赣南行政区。宁都县隶之。
1964年5月，改赣南行政区为赣州专区，1971年2月改称赣州地区。宁都县隶之。
1984年，设立员布乡。
1987年4月5日，青塘乡、长胜乡、黄陂乡改设青塘镇、长胜镇、黄陂镇。
1988年12月10日，撤销刘坑乡，其行政区域划归梅江镇管辖。
1995年9月29日，撤销固村乡、赖村乡，设立固村镇、赖村镇。
1997年1月14日，撤销石上乡、东山坝乡，设立石上镇、东山坝镇。
1998年4月7日，梅江镇析置刘坑乡，乡政府驻刘坑村。
1998年8月5日，撤销洛口乡，设立洛口镇。
1999年7月1日，改赣州地区为赣州市，宁都县隶之。
2000年6月27日，撤销小布乡，设立小布镇。
2001年10月20日，撤销员布乡，划归洛口镇；撤销刘坑乡，划归梅江镇；撤销黄石乡、田头乡，设立黄石镇、田头镇。
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