全盘苏化
“向苏联学习”，是这次院系调整的主方向。在苏联的教育理论中，对中国影响最大的，是凯洛夫主编的《教育学》。中国教育工作者，包括师范院校的学生，几乎人手一册，逐章逐节地进行学习。国家还确定俄文为“第一外语”，清华大学首创的专业俄文阅读速成法被广泛推广，在全国高校掀起了学习俄文的热潮。当时，对苏联教育模式的学习是单向的，只允许老老实实地学，不允许有丝毫的怀疑或批判。开始时，有一部分知识分子，对苏联的教育理论持怀疑和保留的态度，甚至在专家讲课的时候公开提出质疑。为此，他们在各大高校相继开展的“人人过关”、“个个洗澡”的“知识分子思想改造运动”中，都受到批判。清华大学教授潘光旦反对苏联式的灌输教育，认为这样会培养出一大批毫无判断力的青年，在学校学会了道听途说、鹦鹉学舌的本领，出了学校以后，就只能是随波逐流、人云亦云。据当时的清华学子回忆，“对潘光旦先生的全校大检查，好像有三四次，每次检查都达四个小时”，这位学生回忆了其中一次的场景：“在暗夜里，学生们席地坐在成府的马路上，人声如潮，灯光晃动，显得异常恐怖。”后来，潘光旦被调到中央民族大学，写文章检讨《我为何仇美仇不起来》，继续进行思想改造。
社科遭撤
这次大学院系调整的特点是：除保留少数文理科综合性大学外，按行业归口建立单科性高校；大力发展独立建制的工科院校，相继新设钢铁、地质、航空、矿业、水利等专门学院和专业。另外，还根据计划经济和工业建设的需要设置新专业 ，“新的专业的面则常比西方大学生主修的专业要窄”。据一位老教师回忆，当时决定学校哪个系哪个专业与谁谁合并，实施进度很快，扛起行李就出发，而且限期上课。不少学生都是在西北某大学入的学，却在东北某大学毕的业 。后来人们所知道的北京海淀区“八大学院”也兴建于那时，即现北京航空航天大学、中国地质大学、中国矿业大学、北京林业大学、北京科技大学、中国石油大学、北京大学医学部、中国农业大学。院系调整的确加速了工业人才和师范类人才的培养，调整后工科学生数大增。相反，人文社会科学由于它的“资产阶级性质”而遭到否定，社会学、政治学等学科被停止和取消。此后，一大批社会学学者或者转行民族学，或者遁入图书馆做资料员。南京大学的著名社会学家孙本文去了地理系搞经济地理，曾任金陵大学社会学系主任的柯象峰到外文系当了普通老师。正如祖庆年先生所说，1950年代院系调整后，“哲学系竟失去了存在的余地”。
自主权丧失
高校丧失教学自主权，1952年，国家成立了高等教育部，原教育部部长马叙伦改任高教部部长。1953年，政务院发布1953年的高等学校院系调整方案，方案指出“高等学校教师的思想改造学习今年暑假前即可告一段落，院系调整工作在今年暑假亦可大部完成，各类高等学校的任务和培养人才的目标均较以前明确，统一招生与统一分配毕业生的制度已经确立，这些条件将便于中央高等教育部及其他部门进一步加强直接和具体的管理。”高等学校丧失了教学自主权。以清华大学为例，这次涉及教学内容方面的改革主要包括以下几个方面。专业设置上，与欧美大学的通才教育模式相对，苏联的高等教育模式一般称之为专才教育。院系调整前，清华大学各院系不设专业，重视外语、基础理论和人文知识的学习，学生在一、二、三年级重在学习基础理论，四年级着重学习专门知识。院系调整后，根据国家建设需要，按照苏联工科大学教育模式按系设立专业，有计划、分专业培养技术人才。学制也进行了调整。解放前，清华大学实行学分制，必修与选修相结合。“学苏”后，取消学分制，实行学年制。学生在修业期间必须按照专业教学大纲的要求，完成和通过每学年所规定的学习课程和教学环节，不能自由选课，一般也不能转系或转专业，在某些程度上限制了学生的学习主动性、个人兴趣和特长的发挥。教学计划成为学校组织教学过程的主要依据。全国高等学校学习苏联，开始制定统一的教学计划，用苏联教材。
私教退出
私立教育退出历史舞台，早在院系调整之前，中央政府就开始逐步取消教会大学，并改造和限制私立大学。1952年院系调整时，私立大学全部被裁撤。金陵、圣约翰、震旦、沪江，这几所由教会创办的著名学府，也在院系调整中被裁撤，分别并入南京大学、复旦大学、交通大学、同济大学、华东师范大学等。被誉为“东方哈佛”的圣约翰大学，是中国资格最老的教会大学，沪江是上海第一所政府立案的教会大学，震旦大学则由爱国神甫马相伯先生创办。作为首个将西方教学风格引入中国的大学，圣约翰大学除了极重视英语以外，宗教、体育和课外活动也是其校园文化的重要内容。这里还诞生了中国历史上第一支足球队。圣约翰大学拥有许多著名的校友，包括顾维钧、林语堂、宋子文等，都曾对中国的历史进程产生过影响。院系调整后，圣约翰大学的教员分别去了不同的高校，位于人称“梵王渡”的约大校园，也被划归到一所新成立的高校——华东政法学院。后来，一部分又作为上海社会科学院的办公机构。至此，在建校73年之后，圣约翰大学正式走入历史。圣约翰大学最重要的象征莫过于那棵大樟树，连同它的精神，也在六十年代消失了。
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