1、生物危害
生物危害主要指生物（尤其是微生物）本身及其代谢过程、代谢产物（如毒素）、寄生虫及其虫卵和昆虫对食品原料、加工过程和产品的污染。常见的生物性危害包括细菌、病毒、寄生虫以及真菌。
2、化学危害
食品中的化学危害是指有毒的化学物质污染食物而引起的危害。化学性危害能引起急性中毒或慢性积累性伤害，包括天然存在的化学物质、残留的化学物质、加工过程中人为添加的化学物质、偶然污染的化学物质等。
常见的化学性危害有重金属、自然毒素、农用化学药物、洗消剂及其他化学性危害。食品中的化学性危害可能对人体造成急性中毒、慢性中毒、过敏、影响身体发育、影响生育、致癌、致畸、致死等后果。
3、物理危害
指食用后可能导致物理性伤害的异物。物理危害通常被描述为从外部来的物体或异物。物理性危害与化学性危害和生物性危害相比，有其特点，往往消费者看得见。
因而，也是消费者经常表示不满和投诉的事由。物理性危害包括碎骨头、碎石头、铁屑、木屑、头发、蟑螂等昆虫的残体、碎玻璃以及其他可见的异物。物理性危害不仅令食品造成污染，而且时常也损坏消费者的健康。
4、转基因危害
自从1973年，美国斯坦福大学的科恩教授开发成功转基因技术，转基因技术被逐渐应用于农产品的生产，但转基因食品是否安全，却没有一个人能做出肯定的回答。
1999年3月，《自然》杂志发表了康乃尔大学Losey等人认为转基因作物有毒性的论文，引起了世界的震惊，其报道的转基因Bt玉米毒死黑脉金斑蝶的幼虫可谓转基因作物短期不良反应的一个实例。据推测，长期不良效应的发现正如六六六、DDT、PPA等药物的不良效应一样需要一定时间。
欧盟国家在2000年6月决定暂停转基因产品的种植和流通，日本曾对转基因食品的安全性深信不疑，但自Losey等人的论文发表后，也将重新对转基因食品的安全进行进一步研究。
转基因技术的应用一方面给食品行业的发展带来前所未有的机遇，另一方面转基因食品安全的不确定性也给食品安全带来了前所未有的挑战。
食品安全管理必要性
随着社会物质财富的日益丰富，科学技术的不断进步，生活水平的逐步提高，消费者对食品的生产、加工、贮运、销售整个过程表现出了空前的兴趣，不断要求政府和食品制造商在食品质量、食品安全、消费者保护方面承担更多的责任。
在当前全球食品贸易量日益剧增的形势下，无论是进口国还是出口国，都有责任强化本国的食品管理体系，履行基于风险分析的食品管理策略。多数国家的政治家和科学家认为有效的食品管理体系是确保本国消费者健康和安全的基础。
进入新世纪以来，食品安全问题引发的社会、政治和贸易问题时有发生，世界各国的食品安全管理法规、机构、监管、信息、教育正在急剧变化，及时了解和掌握各国在食品安全管理方面的动向及相关研究成果。
选择适合中国国情的食品安全管理体系，体现以人为本，实现经济和社会全面协调发展的科学发展观，是中国食品安全管理面临的主要挑战。
以上内容参考：百度百科-食品安全危害、百度百科-食品安全管理体系