聚酰胺分子中既有亲水基团又有亲脂基团，当用
极性溶剂（如含水溶剂）作为流动相时，聚酰胺中的烷基作为非极性固定相，其色谱行为类似于反相分配色谱，因黄酮苷的极性大于苷元，所以黄酮苷比苷元容易洗脱；当用非极性流动相（如
氯仿—甲醇）时，聚酰胺则作为极性固定相，其色谱行为类似于正相分配色谱。黄酮苷元的极性小于黄酮苷，因而黄酮苷元易被洗脱。此即是聚酰胺色谱的双重层析原理。
聚酰胺对极性物质的吸附作用，是由于它能和被分离物之间形成氢键所致。这种氢键的强弱就决定了被分离物与聚酰胺薄膜之间的吸附能力的大小。