加计扣除填写申报表方法如下：
1、首先按平时申报步骤，填写申报表，把增值税申报表依次填写完成；
2、回到主表，根据系统自动计算，看一下当期应交增值税金额；
3、使用加抵减的税额，找到增值税申报表附表，看最下面表二，就是填写加计扣除的地方；
4、税局系统有自动计算功能，增值税加计扣除金额是根据附表二填写的增值税进项税额，在进入表四时会自动跳出提示框，显示本期加计抵减扣除发生额。只要在本期发生额中填入对应的抵减金额，然后再填写本期实际想用的抵减额保存；
5、回到增值税申报主表，就能看到表中自动计算抵减了应纳税额，非常的智能化。
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《中华人民共和国增值税暂行条例》
第十三条 小规模纳税人以外的纳税人应当向主管税务机关办理登记。具体登记办法由国务院税务主管部门制定。
小规模纳税人会计核算健全，能够提供准确税务资料的，可以向主管税务机关办理登记，不作为小规模纳税人，依照本条例有关规定计算应纳税额。第十六条 纳税人兼营免税、减税项目的，应当分别核算免税、减税项目的销售额；未分别核算销售额的，不得免税、减税。第十七条 纳税人销售额未达到国务院财政、税务主管部门规定的增值税起征点的，免征增值税；达到起征点的，依照本条例规定全额计算缴纳增值税。第二十条 增值税由税务机关征收，进口货物的增值税由海关代征。
个人携带或者邮寄进境自用物品的增值税，连同关税一并计征。具体办法由国务院关税税则委员会会同有关部门制定。第二十三条 增值税的纳税期限分别为1日、3日、5日、10日、15日、1个月或者1个季度。纳税人的具体纳税期限，由主管税务机关根据纳税人应纳税额的大小分别核定；不能按照固定期限纳税的，可以按次纳税。
纳税人以1个月或者1个季度为1个纳税期的，自期满之日起15日内申报纳税；以1日、3日、5日、10日或者15日为1个纳税期的，自期满之日起5日内预缴税款，于次月1日起15日内申报纳税并结清上月应纳税款。
扣缴义务人解缴税款的期限，依照前两款规定执行。