总共发射了10艘神舟飞船：
神舟一号
为原型机，于1999年11月20日成功发射，首次测试飞行，成功实现天地往返。
首次采用了在技术厂房对飞船、火箭联合体垂直总装与测试，整体垂直运输至发射场，并进行远距离测试发射控制的新模式。
神舟二号
2001年1月10日发射
第一艘正样无人飞船。飞船由轨道舱、返回舱和推进舱三个舱段组成。与“神舟”一号试验飞船相比， “神舟”二号飞船的系统结构有了新的扩展，技术性能有了新的提高，飞船技术状态与载人飞船基本一致。
神舟三号
2002年3月25日发射
“神舟”三号是一艘正样无人飞船，飞船技术状态与载人状态完全一致。这次发射试验，运载火箭、飞船和测控发射系统进一步完善，提高了载人航天的安全性和可靠性。飞船上装有人体代谢模拟装置、拟人生理信号设备以及形体假人，能够定量模拟航天员在太空中的重要生理活动参数。这次发射，逃逸救生系统也进行了工作。这个系统是在应急情况下确保航天员安全的主要措施。飞船拟人载荷提供的生理信号和代谢指标正常，验证了与载人航天直接相关的座舱内环境控制和生命保障系统。
神舟四号
2002年12月30日发射
第一艘可载人的处于无人状态的飞船。
神舟五号
2003年10月15日发射
首次载人：杨利伟
首次增加了故障自动检测系统和逃逸系统。其中设定了几百种故障模式，一旦发生危险立即自动报警。即使在飞船升空一段时间之后，航天员也能通过逃逸火箭而脱离险境。
神舟六号
发射时间：2005年10月12日
航天员：费俊龙、聂海胜
围绕两人多天飞行任务的改进；轨道舱功能使用方面的改进。放置了很多航天员生活的必需品；提高航天员安全性的改进。返回舱中航天员的坐椅设计了着陆缓冲功能；做了一些日常的持续性改进，如黑匣子的容量。
神舟七号
发射时间：2008年9月25日
航天员：翟志刚、刘伯明、景海鹏。
实施首次空间出舱活动，突破和掌握出舱活动相关技术，同时开展卫星伴飞、卫星数据中继等空间科学和技术试验。飞船运行期间，1名航天员着中国的飞天舱外航天服出舱进行舱外活动，回收在舱外装载的试验样品装置。
神舟八号
（无人）
发射时间：2011年11月1日
与天宫一号对接，具备了自动和手动交会对接功能，为此新增加和改进了一些设备。比如新研制了异体同构周边式构型和多种交会对接测量设备，用于交会对接自主控制的飞行软件、控制软件，也是全新设计和研发的。为了满足交会对接的任务，飞船上增加配置了平移和反推发动机。同时，航天员的手动控制设备也进行了改进。
神舟九号
发射时间： 2012年6月16日
航天员：景海鹏、刘旺、刘洋
载人对接，首次女宇航员参加
神舟十号
2013年6月11日发射
航天员： 聂海胜、张晓光、王亚平
为天宫一号目标飞行器在轨运营提供人员和物资天地往返运输服务；第二次手动与天宫一号交会对接，进驻进行空间实验。