1、Flyme系统
魅族操作系统（flyme os），魅族基于Android操作系统为智能手机量身打造的操作系统，旨在为用户提供优秀的交互体验和贴心的在线服务。Flyme系统是魅族设计理念在软件更深层上的体现，也是魅族手机的核心竞争力之一，被魅族称为“产品的灵魂所在”。
2、小米的MIUI
MIUI是小米公司旗下基于Android系统深度优化、定制、开发的第三方手机操作系统，也是小米的第一个产品。从2010年8月16日首个内测版发布至今，MIUI目前已经拥有国内外2.8亿用户，覆盖55种语言，支持142个国家与地区。
3、Smartisan OS
Smartisan OS 是锤子科技Smartisan 团队推出的基于安卓（android）深度定制的系统，于2013年3月27日19点30分在国家会议中心正式发布。主要搭载于Smartisan 手机和坚果手机中。
(简称Emui)是华为基于Android(安卓)进行开发的情感化操作系统。拥有简化的用户界面、新的手势导航和HiVision的“AI”功能，新系统在国内已经向部分机型推送更新，采用了自然极简的设计。
其9.1版本设置项精简10%、全局统一化的设计、便捷的单手操作、全新的手势导航，提供了良好的交互体验；新UX融入了大自然的声音、色彩、光影，回归自然的沉浸式设计。
5、阿里云移动操作系统
该操作系统将提供基于云计算的应用。不同于以往将应用下载至手机进行操作，用户将通过可以手机登陆远程服务器进行操作。
该操作系统基于Android开发，并集成了多种阿里自主研发的应用软件，包括地图、输入法、浏览器及IM即时通信工具等。
参考资料来源：百度百科-flyme
参考资料来源：百度百科-MIUI
参考资料来源：百度百科-Smartisan OS
参考资料来源：百度百科-Emotion UI
参考资料来源：百度百科-阿里云移动操作系统
国产手机4大操作系统，个个饱受好评，你更喜欢哪一个呢？
http://baike.baidu.com/link?url=bfDWOEG7rMRJkT0fFjzZXB50krA5uteB8hBTTsXE5sbPJD3vwV3eMkUk9PonKURDUULvSMaTiW6Sn_eiXoqcda
阿里公司自主研发的：阿里云 OS 是一种全新的基于云端的手机操作系统
http://baike.baidu.com/link?url=2XYBwc9iCOZOBu0Cz9DCmeVQc8q_IrD_MOL_g7t9_AWz54bU-VecYXFo1P-HJHhZg12b5qkslMhhKZnfDldksa
同洲公司自主研发的：同洲960操作系统 这个将在今年3月份发布
http://www.feishop.com.cn/960OS/
其他的手机操作系统都是优化了下源生android而已，不是自主研发。例如MIUI OS ,Flyme OS ,锤子科技的smartisan OS等等本回答被网友采纳
楼上所谓的联通和阿里云操作系统，功能机才用的吧，没什么前途
平台有MTK和至尊宝