第1个回答 2013-07-29
1 云霄飞车杀人事件（Gin&Vodka初次登场，让新缩小变成了柯南）
48-49 外交官杀人事件（新一第一次回复） 54 电玩公司杀人事件（Tequila（组织成员）登场）
57-58 福尔摩斯迷杀人事件(服部平次发现柯南身份）
128 黑衣组织十亿元抢劫事件（宫野明美（即灰原姐姐）被组织杀害）
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件（灰原登场亮相。柯南第一次知道了药的名字是APTX4869）
176-178 与黑衣组织的再会（灰原解释了APTX4869原来是细胞程序性死亡。Vermouth在这里第一次露面。皮斯克与灰原的父母很熟悉，药的开发在灰原父亲的时代就开始了。GIN提到了“那位先生”，在以后会经常出现。灰原第一次恢复）
188-193 危命的复活（新一第二次恢复）
230-231 神秘的乘客（Vermouth再次露面，假扮新出与灰原同车。赤井秀一（FBI成员）出场）
258-259 来自芝加哥的男子（詹姆斯·布莱克登场，其为FBI成员）
271-272 隐藏匆忙中的省略
277-278 英语教师VS西部名侦探
286-288 工藤新一NY事件（兰和新一救了Vermouth（组织成员）假扮的银发杀人魔）
289-290 光彦森林迷失记（灰原透露沼渊己一郎是组织成员）
307-308 遗留的无声证言
309-311 与黑衣组织的接触（黑衣组织再度出场，柯南和GIN的第一次正面交手，柯南一度陷入危机，可最后不知是GIN放水还是疏忽，柯南侥幸逃过一劫。）
338-339 四台保时捷（Vermouth发现灰原住处）
340-341 厕所里隐藏的秘密（灰原在厕所里发现了姐姐留给自已的录音带）
345 与黑衣组织的直面对决 满月之夜的二元推理（vermouth，茱蒂（FBI成员）等人身份揭露，vermouth放弃追捕雪莉）
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（柯南知道boss的邮箱号，为七个孩子）
425 黑色冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间（Kir、Chianti、Korn登场（三人都为组织成员）。本堂瑛佑（水无怜奈的弟弟）登场。）
462-465 黑衣组织的影子
484-485 黑色照片的去向
491-504 红与黑的碰撞（小兰的新同班同学本堂瑛佑总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。黑衣组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛佑袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈就是本堂瑛海，代替被杀的父亲成为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。）
509 红白黄色与侦探团 F/C
（冲矢昴登场）510 柯南VS双重暗号之谜511 推理对决！新一VS冲矢昴
521-521 杀人犯 工藤新一★ S/X522 新一的真实身份与小兰的眼泪★ S/X523 真正想问的事 S/X（新一第三次恢复）
563-564 侦探团VS劫匪团（脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现，右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。）
578 召唤危机的红色前兆
579 黑色与13的暗示
580 逼近的黑之时限
581 摇曳的红色目标616-621 福尔摩斯的默示录（新一第四次恢复）646-647 幽灵旅馆的推理对决（世良真纯（赤井秀一妹妹）登场）
667-668 婚礼前夜（安室透登场，成为小五郎弟子。）
671-674 侦探们的夜想曲（Vermouth给波本打电话，安室透，冲矢昴，世良真纯同时接到电话）
675-676 一丁点都不原谅(灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。)
681-683 以性命为赌注的恋爱转播（结尾处安室透为高木的指导警官伊达扫墓，暗示两人曾是朋友)
684-685 泡沫、蒸汽和香烟
690-691 工藤优作未解决的事件
699-700 逼近灰原秘密的黑影（侦探团被困，灰原迫不得已服解药恢复身体，被光彦拍下视频，被世良、安室、冲矢看到。）
701-704 漆黑的特快列车
第2个回答 2013-07-29
TV100后的主线有：
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美出场并死亡，黑暗组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀（宫野志保）出场）
131 竞技场无差别胁迫事件(后篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布兰克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集） （灰原被怀疑，形势危急）
272 急忙掩饰的忽略（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）（发现克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈留下的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）（真正的新出医生回归）
374 星星和香烟的暗号（前篇）（开头柯南想起沉默的航线中凶手在警局本想要给鸟取县的朋友打电话，但最终没有打，怀疑是否和组织有关）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（结尾处柯南听到山村警官给鸟取县的奶奶拨号的按键声很震惊，其实是和贝尔摩德输boss手机号码时的按键声很相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查sherry。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场)
柯南主线人物578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示
580 紧迫黑色的时限
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，GIN准备让基安蒂对假拌赤井的波本进行狙击但并未成功）
616-621 伦敦篇系列（工藤新一第四次恢复，工藤新一第一次向小兰正面表白）
以及目前正在更新的神秘列车系列
剧场版主线有一部M13漆黑的追迹者本回答被提问者采纳
第3个回答 2013-07-30
001云霄飞车杀人事件
054电玩公司杀人事件
128黑衣组织10亿元抢劫事件
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件
176，177，178与黑暗组织的再会
226，227格斗游戏的陷阱
230，231谜一样的乘客
258，259来自芝加哥的男子
271，272紧急隐藏的省略
277，278英语教师VS关西侦探
286，287，288工藤新一NY事件
307，308无声的证据
309，310，311与黑色组织的接触
335，336东都显影所的秘密
338，339 4辆保时捷
340，341隐藏在厕所里的秘密
343，344便利店的陷阱
345与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案
346，347寻找P股上的印记
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不xx音
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间
429--430无法回到从前的两个人
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
466 坚不可摧的雪人（前篇）
467 坚不可摧的雪人（后篇）
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491~504红与黑的碰撞系列
507 卡拉OK房间的死角（前篇）
508 卡拉OK房间的死角（后篇）
509 红白黄色与侦探团
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543让鱼儿消失的一角岩（后篇)
563 侦探团VS强盗团（骚乱） 564 侦探团VS强盗团（沉默）
578 召唤危机的红色前兆 579 黑与13的暗示 580 逼近的黑色时刻 581 红色的摇摆目标
646~651 656~668 671~676 681~685 699~703
把以上剧集都看了 都是组织相关的 组织相关人物的身份几乎都含在其中 自己看吧 就不剧透了 再说人物太多我也说不清楚
第4个回答 2013-07-29
你可以看主线剧情，就是所谓的追查黑衣人，其他小章节可以忽略。
除了你说的还有黑暗组织，联邦FBI等人物