益生元与益生菌都会影响肠道菌群的平衡，但影响的方式完全不同，
关键区别在于：益生元作用于本已存在与肠内的菌群，而益生菌是外部添加的细菌。除了这点区别，还应该注意以下几点：
1）益生元作为模拟母乳中的
低聚糖，以未经消化的形式进入胃肠道，通过降低PH值，促进
双歧杆菌等有益菌的生长，间接地促进胃肠道健康和营养素的吸收。
2）益生菌是外源细菌，作用更直接。但是，它有较明显的针对性，即针对不同的病因及体质，添加不同的菌种，如双歧杆菌对胃肠道疾病有显著功效等。
3）在胃部强酸性的环境下，外来细菌的存活性会受到考验，因为只有活着进入胃肠道的有益菌才能发挥功效，而益生元不是生物，不存在存活率的问题。
4）
免疫系统对于由外部而来的益生菌有识别的过程，当外部添加益生菌时，不同体质的宠物可能会产生不同的反应。