上海市福建商会（福建省在沪企业协会）， 于1988年经上海市人民政府协作办公室沪府协联（88）第67号文批准成立，同年11月17日在上海召开成立大会。1991年4月4日经上海市民政局批准注册登记，登记证号：0278。2001年4月9日经中共福建省委统战部同意，福建省工商业联合会闽联[2001]40号文批准加挂“福建省工商业联合会上海商会”。2002年11月14日经上海市民政局沪民社团[2002]456号文批准“福建省在沪企业协会”同时使用“上海市福建商会”名称。2004年11月27日第七届会员代表大会始正式对外使用“上海市福建商会”名称。目前商会下设秘书处、会员部、联络部、招商部、后勤财务部、金融服务中心、经济法律咨询部、上海闽商网站;分支机构十一个：福州联络委员会、泉州企业联络委员会、漳州企业联络委员会、三明企业联络委员会、宁德企业联络委员会、莆田联络委员会、长乐联络委员会、金融证券行业联络委员会、水产分会，纺织服装分会、建筑设备租赁分会。商会拥有团体单位商会（市、县区商会）56家。直接会员800多家，团体单位会员8000多家，是目前上海市拥有会员数最多的商会之一。
商会自成立以来，始终本着服务会员的宗旨，坚持“搭建平台、促进交流、谋求发展、增创效益”的目标，加强闽沪两地经济联系、促进两地经济合作与发展，引导广大在沪闽商抢抓机遇、开拓创新，发展壮大实力，积极响应福建“回归工程”号召、为海峡西岸经济区建设作贡献。商会每年都组织企业家参加“6-18”项目成果交易会、“9-8”投资洽谈会，鼓励在沪企业在自身发展的同时，身在上海，心系家乡，投资家乡经济建设。据不完全统计，这几年返闽投资累计达300多亿元。
商会积极鼓励在沪企业在自身发展的同时，不忘推进家乡的慈善事业发展。商会每年捐资20万元，用于资助家乡贫困地区小学的教学楼改、扩建，至今已经完成了周宁纯池中心小学、政和念山小学、平和安厚中心小学、连城新泉中心小学、仙游坑北小学、泰宁朱口中心小学、永泰东门小学七所小学教学楼的改、扩建，并命名为“上善楼”，受到了当地政府和群众的高度赞扬，并特地送来“情系老区，恩泽未来”、“捐资建校，造福桑梓”等牌匾。
2010年8月商会入驻具有百年福建文化的三山会馆，进一步弘扬闽商精神和福建文化，增强了商会影响力和凝聚力。
