未发酵粪便，施入土壤中会发酵，产生热量、有害气体，有烂种子、烧根、烧苗现象，而且发酵时间长，产生肥害反而影响农作物生长，没有发酵腐熟的农家有机肥，施入土壤病虫害较多，动物粪便里、农作物秸秆、下脚料里含有病菌、虫卵、病毒，如果直接施入土壤，会在土壤中漫延、滋生、孵化，危害农作物生长，爆发病虫害疫情。
有机肥发酵原理
腐熟的猪粪有机肥一般需要两个阶段，即第一次高温堆肥腐熟发酵阶段和第二次陈化阶段。不稳定的有机物通过腐熟过程，通过微生物作用下，转化成稳定的腐殖质。其温度变化可以界定是否腐熟。
第二阶段：温度初见降低，氧气吸收率降低，臭味完全消失。相对于第一次堆肥腐熟来说，不能没有第二次堆肥，因为二次堆肥可以降解难降解的有机物，嗜温微生物菌落重新建立，从而有助于有机肥腐熟、减少植物毒性物质和抑制病原菌。
第一阶段：通过配比原料基质，肥堆高氧吸收，产生高温，可降解挥发性固体大量减少，臭味逐渐降低，肥堆颜色逐渐变化，需保持良好的曝气和水分控制。
温度升高阶段：有机肥腐熟温度上升到45℃，主要以放线菌、真菌和细菌为主，主要分解糖类和淀粉。甚至有源生物动物和动物参与。高温阶段：腐熟温度达到45℃以上，嗜温微生物被抑制，嗜热主导。可溶解的有机物继续被氧化分解，复杂的有机物（纤维素、半纤维素、蛋白质、木质素）也开始被分解。50℃左右（嗜热真菌和放线菌）；60℃左右（嗜热细菌和放线菌）；70℃左右（大多微生物已经不能适应）。最佳腐熟温度为55℃，这是因为大多微生物在该温度最活跃，最易分解有机物，病菌、虫卵、杂草种子大多数会被杀死。降温降低阶段：嗜温微生物又开始大量繁殖，占据优势，对残余难分解的有机物作进一步分解。此时微生物活性下降，堆肥腐熟需氧量降低，温度下降，肥堆逐渐趋于稳定。
有机肥发酵方法
厌氧发酵：在缺氧或无氧条件下,主要利用厌氧微生物进行的堆肥化过程。最终产物除腐殖质类有机物、二氧化碳和甲烷外，还有氨、硫化氢和其他有机酸等还原性物质。工艺简单、不需进行通风,但反应速率缓慢，堆肥化周期较长。
好氧发酵：在人工控制和一定碳氮比例（C/N）、水分、温度和通风的情况下，通过微生物将有机质转化为稳定的腐殖质的过程，这类堆肥无臭无蝇，反而有淡淡的泥土味。
有机肥发酵工艺
静态条垛堆肥：无需翻堆，能够确保堆体有效的达到高温和病原菌体灭活，缩短堆肥周期。
动态条垛堆肥：通过人工或机械定期翻堆，来确保堆体好氧状态。
反应器堆肥：在一个容器或几个容器进行，能够有效的控制温度，水分，从而监控堆肥发酵程度。
2．除臭技术.通过添加除臭剂、遮蔽剂、中和剂、吸附剂的方法对粪便进行除臭处理.
3．生物处理.主要有化粪池、好氧堆肥、厌氧发酵、生产沼气及养殖蚯蚓等方法.
可以选用的生态模式很多,其中“猪—沼—作物”生态农业模式可以在农村中广泛推广.沼气池可消化人畜粪便、生活污水、植物秸秆等废弃物,而产生的沼气可用做生产、生活燃料,同时它的剩余物沼肥又是种植业所需的优质有机肥料.通过“三沼”（沼气、沼渣、沼液）的综合利用,实现农业资源的高效利用和生态环境的改善,提高农产品质量、增加农民收入等目的.而在选择种植作物时,则应该因地制宜.鼓励多种作物间、混、套作等栽培模式,使特定作物所面临的风险最小化.
1．沼气可用于炊事、照明、发电,为塑料大棚和畜舍增温、保温,为蔬菜大棚提供二氧化碳气肥,也可用来诱杀蚊虫、储存粮食和保鲜水果等；
2．沼液可用做肥料施于农田,可作饲料添加剂喂养畜禽.
3．沼渣用做有机肥.
1、沼气法
畜禽粪便可利用沼气或沼气罐产生沼气。该法可用于处理大量的粪便、污水，适用于阴雨天多、晒干较困难的地方。沼气法是养殖场解决环境污染的一种良性循环机制，也是发展生态农业的关键部分。
2、腐熟堆肥法
粪便经腐熟处理后外观呈暗褐色，松软无臭。
3、烘干法
首先，将畜禽粪便进行固液分离，然后将分离后的固体成分烘干并添加其他成分制成有机复合肥，液体可制成液体肥料，作为菜地、果园的肥料施用。烘干法适用于规模较大的养殖场。
4、组合处理法
组合处理法是采用两种以上的方法组合使用，使其优势互补。比如，用太阳能蒸发水分到一定程度，再用烘干法或真空干燥法等，既节约能源、降低成本，又能生产出优质的肥料。本回答被提问者采纳