一、签发机构不同
皈依证是在家（居士）佛教徒的重要证明。到寺院拜一位师傅，请求传授三皈，举行皈依仪式，便可获得。
戒牒则是由僧官机构及传戒师签发给受戒僧尼以证明其所取得的资格的凭证。戒牒并不象度牒那样具有官方色彩，它是佛教内部的一种管理制度，由僧官机构及其僧官直接签发，或由传戒师发给。
二、样式不同
标准的《皈依证》要有三章并存：
1、“寺院公章”最标准的是钢印，要是红公章的话，有些寺院是不允许免费进入的（例如：大相国寺）；
2、“三宝印”上书“佛法僧宝”或“XXXX寺院佛法僧三宝印”。寺院和寺院不一样。象征是三宝发给；
3、“授皈依师私章”。通常是方丈的章子。
戒牒上一般要写明受戒人，戒名（如菩萨戒等）、日期、传戒和尚，证戒师、教授师、坛头、和尚、同学伴侣、同受戒人及受戒发愿文，未署僧录等名，或盖僧官机构的印章。其中证戒师、教授师、伴侣等有时象征性地以佛、菩萨代之，签署者一般为僧录等高级僧官。
三、用途不同
皈依证代表本人已经正式皈依到佛陀身边。弟子带着时常有提醒的作用。皈依证可以证明本人是皈依弟子。出入寺院是为了正常的佛教活动而不是参观旅游。可以有别于一般游客。
戒牒只给三种人看，一是寺庙的管理者，这主要是针对外出挂单的僧人；二是公安机关；三是给自己的师父看。
扩展资料：
古代度牒一般由尚书省下的祠部颁发，故亦称祠部牒。
唐代的度牒都用绫素、锦素、钿轴制成，其形质与官吏的任命状“纶诰”相似，宋代一度改用纸造，至南宗仍旧用绫。度牒上一般写明所度僧尼的法名，俗名 、身份（指明童子或行者及其职衔）、籍贯、年龄、所住或请住持寺院（入何寺院 名籍）、所诵经典、师名等，并有祠部的批文，签署日期和官署署名等。
僧尼有了度牒，便取得了合法的身份，留居本寺或行游他方都不被为难，可获免赋税和劳役、兵役等义务，得到政府的保护。
参考资料来源：百度百科——戒牒
参考资料来源：百度百科——皈依证
①度牒相当于“出家人的行业身份证明”（非法律身份证明），古时由官府考核僧人后予以发放，并具有免税免徭役等官方福利；现代由地方行业协会如佛协发放，自然有没有额外的福利了。
②戒牒相当于“出家人的职称资格证明”，因为僧人随着出家的日子渐长，也在不断升级，男性僧人会从“沙弥”晋级“比丘”，女性僧人会从“沙弥尼”晋级“比丘尼”，要掌握更多的戒律，需要举办“三坛大戒”法会来授予戒牒。
③皈依证相当于“世俗人士皈依佛门成为俗家弟子（也称为居士，或男性称为“优婆塞”/女性称为“优婆夷”）的身份证明”，皈依证不需要出家，最容易获得，任何寺院只要有僧人，每个人去办理都可以发放。