农村合作医疗在结算的时候报销。
农村合作医疗报销比例：
门诊报销比例分别为：
1、乡镇卫生院报销比例40%，
2、二级医院30%，
3、三级医院20%。
住院报销的比例：
1、乡镇级（一级医院）住院报销的比例是85%，起付线是200元；
2、县级（二级医院）住院报销的比例是70%，起付线是500元；
3、市级（三级医院）住院报销的比例是55%，起付线是700元；
4、省级（三级医院）住院报销的比例是50%，起付线是1000。
最新农村合作医疗保险报销比例与范围：
1、门、急诊医疗费用：在职职工年度内（1月1日～12月31日）符合基本医疗保险规定范围的医疗费累计超过2000元部分。
2、结算比例：合同期内派遣人员2000元以上部分报销50%，个人自付50%；在一个年度内累计支付派遣人员门、急诊报销最高数额为2万元。
3、参保人员要妥善保管好在定点医院就诊的门诊医疗单据（含大额以下部分的收据、处方底方等），作为医疗费用报销凭证。
4、三种特殊病的门诊就医：参保人员患恶性肿瘤放射治疗和化学治疗、肾透析、肾移植后服抗排异药需在门诊就医时，由参保人就医的二、三级定点医院开具“疾病诊断证明”，并填写《医疗保险特殊病种申报审批表》，报区医保中心审批备案。这三种特殊病的门诊就医及取药仅限在批准就诊的定点医院，不能到定点零售药店购买。发生的医疗费符合门诊特殊病规定范围的，参照住院进行结算。
5、住院医疗，医保缴够20年，才能享受退休后的医保报销。
医保报销分门诊和住院两类：
门诊需要提供的材料有：
1、本人的病历本、病历卡；
2、门诊发票，原件，需加盖医院章；
3、本人身份证复印件。
住院需要提供的材料有：
1、本人的病历本、病历卡；
2、住院发票，原件，需加盖医院章；
3、费用总清单，需盖医院章；
4、出院小结；
5、本人身份证复印件。
医保卡相关知识：
1、适用范围：在一些定点医院、药店进行消费时，可直接使用医保卡进行结算。医保卡很难进行提现或是转账；
2、余额查询：医保卡持有人可拨打相关电话查询余额，也可以在定点医院或是药店等地方查询余额；
3、交易查询：医保卡持有人可凭着个人身份证件去所在银行打印医保卡支付结算的消费记录；
4、医保卡密码：医保卡持卡人若是忘记密码，可拨打电话或是去医保卡所在银行更改密码；
5、医保卡保管：医保卡若是丢失了，持卡人必须赶紧挂失；
6、注意事项：医保卡进行支付交易的次数达到了60次，就需要持卡人提供交易记录，否则会面临停卡的情况。
《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。