1908年，光绪临终前得知慈禧给自己的继承人是年幼的侄子溥仪时，沉默了半晌，说了8个字：又是一个傀儡皇帝。
11月14日，光绪帝驾崩，年仅两岁多的溥仪继承皇位，是为清朝最后一位皇帝，也是中国封建历史上最后一位皇帝。
光绪登基的原因及理由
自咸丰帝起，可以说皇家子嗣是异常凋零。咸丰帝只有两儿一女（其中一子早夭），同治帝六岁登基十九岁驾崩，前后十三年无任何子嗣。
在这种情况之下，慈禧选择继位者就得从两方面考虑：
1、从同治的兄弟子嗣中寻找继位者，这样可以保证文宗这一支（即：咸丰帝）在帝位传承上仍能保持大宗地位。
2、与自己亲缘关系近的、合适的、能够掌控的继承者。
于是，基于以上两点，慈禧力排众议选择了由咸丰帝弟弟爱新觉罗·奕譞和自己亲妹妹所生的爱新觉罗·载湉（即：光绪帝），使其成为新一代的储君。
当时近派宗室子弟中没有适合继位的溥字辈成员，当时情况无法直接给穆宗同治帝在溥字辈中选择继承人，那么就只有载字辈中选择。
但是如果载字辈的子弟不降辈份、改称同治帝为爸爸的话，会有两个问题产生：
一、会导致皇帝生父（醇王）的地位抬高，还可能导致帝位传承的大宗由文宗同治帝一系转移到醇王一系，不利于两宫垂帘和两宫的情感；
二、这样一来，在理论上就很难给同治帝立继承人。
所以，光绪帝继位的条件之一，就是给降辈份给同治帝继嗣。
清史稿记载：传懿旨，以上继文宗为子，入承大统，为嗣皇帝。俟嗣皇帝有子，即承继大行皇帝。
溥仪“一祧两房”是否合礼制
溥仪是奕譞的孙子，摄政王载沣的长子，生母是慈禧心腹重臣荣禄的女儿。因此，慈禧认为溥仪还算是自己人这边的，是可以掌控的。
所以，慈禧在临死前指名要将溥仪过继给亲儿子同治帝，加强双方的关联。但是这一提议被以张之洞为首的大臣认为很是不妥。
劝慈禧说：“先帝为光绪皇帝，光绪病逝无任何子嗣，应当过继给光绪帝，否则天下人认为此事不妥，必生祸乱啊！”
于是，慈禧思考后就说：“如此也罢，将溥仪过继于同治帝同时兼祧（过继）于光绪帝。”
也就是说将溥仪兼祧给光绪帝，因此出现了溥仪“一祧两房”的状况，因此溥仪本是光绪的侄子，没成想一下成为两位先帝的儿子，也引出了题主的疑问。
其实，“兼祧”在清代宗室也是有先例的。
清俞樾《俞楼杂纂·丧服私论·论独子兼祧之服》：“一子两祧，为乾隆间特制之条，所谓礼以义起也。道光间议定服制，大宗子兼祧小宗，则为所生父母斩衰三年，而为兼祧父母齐衰不杖期。”
所以溥仪继同治帝兼祧光绪帝是没有多大的漏洞的，至少在光绪帝登基前就确立了这个模式。
结语：
这一切其实都是血脉传承与礼制礼法的博弈，也是政治与利益的平衡。
慈禧考虑的是在保证皇家帝位传承有序的前提下，保证自己娘家亲族的利益也能够得到保证，这也是当时选择光绪的原因之一，因为他的体内有4分之1是叶赫纳拉氏的血脉。这是她的私欲。
而到为光绪选择接班人时，则更多的为夫家血脉的正统性考虑了。因为，同治帝是爱新觉罗家族最后一位血脉正统的帝王，从光绪开始就已经是旁系了。