主要在申购费上、风险性上、申购收费模式上、付费方式上存在区别。具体的区别如下：
1、申购费上：A类一般是代表前端收费，B类代表后端收费，而C类是没有申购费，即无论前端还是后端，都没有手续费；而A、B两类分类的债券基金，一般A类为有申购费，包括前端和后端，而B类债券没有任何申购费。
2、风险性上：长期持有，A类风险小；而B类的风险性较大。
3、申购的收费模式上：A类收费结构与股票型基金一致，基金公司除了收取管理费、托管费以外还一次性收取申购费和赎回费。而B类就不再单独收取基金的申购费和赎回费，而是按照固定的年费率从基金资产中扣除相应的销售服务费，与短债基金和货币市场基金相同。
4、付费方式上：费用高低也是投资债券基金要考虑的一项重要因素。债券基金的收费方式一般分为三类：A类为前端收费模式；B类为后端收费模式；C类为免收认/申购赎回费，只收取销售服务费的模式。
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