首先影响溶解氧含量，水中保持足够的溶解氧对水产养殖非常重要。保持水中足够的溶解氧，可抑制生成有毒物质的化学反应，转化降低有毒物质（如氨、亚硝酸盐和硫化氢的含量)。如果缺氧，有毒物极易迅速达到危害的程度。水中投入大量化肥；造成氨氮，亚硝酸盐过高，藻类大量死亡，氧气供应不足。
其次影响水体PH值：PH值是水质的重要指标，这是因为PH值决定着水体的很多化学的生物过程，如NH3和H2S等有毒物质，由于PH值的不同表现形式不同，因而毒性不同。过高或过低的PH值，均会使水中微生物活动受到抑制，有机物不易分解，增大水中有毒物质的毒性。例如PH值低于6时，增加硫化物的毒性。
最后造成氨氮、亚硝酸盐大量积累：亚硝酸盐是氨氮转化成硝酸盐过程中的中间产物，一旦硝化过程受阻，亚硝酸盐就会在水体内积累。在贝类养殖中因大量反复使用化肥，造成氮素的大量积累，加之氨氮转化过程速度较快，而亚硝酸直转化硝酸盐的时间更长，氨氮过高破坏了硝化自净平衡状态。不仅蛏子、其它水生植物无法吸入大量的氮素，而且，含氮有机物无法进行有效的转化，硝化过程受阻，所以造成亚硝酸盐的大量积累。氨氮，亚硝酸盐对蛏子等贝类的毒性较强，作用机理主要通过贝类滤食、呼吸系统进入血液，可使正常的血蓝蛋白氧化成高价血蓝蛋白，影响载氧的蛋白功能，出现组织缺氧从而导致贝类缺氧，甚至窒息死亡。例如，蛏子中毒后的症状：停止滤食。触动时反应迟钝，蛏子壳发白灰暗死亡时整个壳体上移出洞穴，两条吸水管僵硬伸出体外，竖立在穴口处。
大量使用化肥的危害这么多，那么我们如何科学的使用化学肥料？
一、通过水色管理技巧：在蛏子养殖过程中，根据水色配合贝类饲料适量使用化肥。水色清淡时，晴天追施氮肥和磷肥。老池塘只施磷肥。
二、通过肥水技巧：在蛏子放苗前利用化肥培养基础藻类，使用前必须注意氮磷比例平衡。老池塘可不用氮肥，单用磷肥。
最后要给大家的建议是，化学肥料属无机肥，无度的使用破坏了水质池底的自净能力，适量合理的配合贝类饲料使用，可以有效的降低饵料系数，降低养殖成本，提高贝类养殖的经济效益。