适用于需报交通运输部办理的：沿海省际旅客、危险品货物水路运输许可；沿海省际新增客船、危险品船投入运营审批；外国籍船舶临时经营中国港口之间的海上运输和拖航审批；颁发、换发、注销沿海省际客船、液货危险品船运输企业的《国内水路运输经营许可证》；配发、换发、注销沿海省际客船、液货危险品船的《船舶营业运输证》；沿海省际客船、液货危险品船运输企业海务、机务管理人员变更等备案业务。
2. 网上办理程序
申请人（国内航运企业）通过8.0版本以上的IE浏览器登录水路运输建设综合管理信息系统申报门户网站（
http://wtis.mot.gov.cn，以下简称“系统申报端”），进行企业用户注册并凭用户名、密码登录系统进行业务申报。
根据信息系统三级等级保护要求，地方水路运输管理部门凭网上电子身份证书（以下简称“电子密钥”）登录水路运输建设综合管理信息系统管理端门户网站（
http://mwtis.mot.gov.cn，以下简称“系统管理端”），在系统上进行材料审核、上报等。
3. 试运行时间
2017年8月1日起，水路运输建设综合管理信息系统国内航运行政管理业务开始试运行，国内航运企业、地方水路运输管理部门应按上述要求进行网上业务申请、审核、上报。
4. 注意事项
申请人和地方水路运输管理部门在使用系统前，请仔细阅读《国内航运业务管理子模块用户操作手册》《电子密钥使用指南》等文件（可从“系统申报端”和“系统管理端”首页“文件下载”栏目下载）。
交通运输部免费为各省级水路运输管理部门配备3—5把电子密钥，还未申领的，请在“系统管理端”的“文件下载”栏目下载《数字证书申请表（适用国内航运行政管理业务）》，按照表格要求填写相关信息并加盖公章后，于2017年6月10日前邮寄至系统技术支持单位办理申领手续。
其他需要申请使用电子密钥的水路运输管理部门，请在“系统管理端”的“文件下载”栏目下载《数字证书申请表（适用国内航运行政管理业务）》，按照表格要求填写相关信息并加盖公章，由省级水路运输管理部门审核汇总后（汇总表可在“系统管理端”的“文件下载”栏目下载），于2017年6月20日前邮寄至电子密钥支持单位，办理电子密钥相关手续。
5. 有关要求
因系统已具备网上办理全流程痕迹查询追溯，管理人员实名审核等功能，水路运输管理部门要高度重视国内航运行政管理业务的上线试运行工作，加强组织领导，压实责任，指定专人负责；要尽快熟悉系统相关流程和操作，认真做好本单位的应用准备工作。遇有技术问题及时向系统技术支持单位和部反映。
根据相关规定，纳入网上办理范围的报部审批业务暂实行网上申请与纸质材料申请并行模式。水路运输管理部门在收到网上申请材料和纸质材料后，应及时、认真审核纸质和电子材料，保证二者的一致性。相关申请材料的受理时间以收到完整、齐全、有效的电子材料和纸质材料的最晚时间为准。
办理沿海省际旅客、危险品货物水路运输许可，沿海省际新增客船、危险品船投入运营审批，外国籍船舶临时经营中国港口之间的海上运输和拖航审批业务的全部纸质材料需经地方水路运输管理部门审核后报部。其余业务的纸质材料，由企业所在地设区的市级人民政府水路运输管理部门存档。
北京中交通信科技有限公司要切实做好系统的技术支持与服务保障工作，加强系统的日常运维管理，保证系统安全、高效、便捷，不断优化用户体验。北京中交国通智能交通系统技术有限公司要加强对电子密钥的管理，及时、准确地向有关水路运输管理部门发放密钥。